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用户指南 命令行工具 API参考 2021年3月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 支持消息、邮件、安全、商标设置。 支持通过命令行工具对平台进行管理和使用，支持Windows、Linux系统。 开放API 优化 优化流程的搭建和运行过程。
命令结构 health nextflow delete workflow ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 模板id 命令示例 health nextflow delete workflow 550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000
不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境，里面仅安装了用户需要的应
workflow_job_id 是 String workflow作业id 最小长度：1 最大长度：128 template_id 否 String 数据库模板id 最小长度：1 最大长度：128 database_name 是 String 数据库名称 最小长度：3 最大长度：32 relative_path
name String 实例名称 description String 描述 template_id String 模板id template_name String 模板名称 creator String 创建者 create_time String 创建时间 update_time
参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 实例名称 最小长度：3 最大长度：32 template_id 是 String 模板id 最小长度：1 最大长度：128 description 否 String 实例描述 最小长度：0 最大长度：1024 import_data
fq-file2 file Read2过滤之后输出fq.gz文件 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。 html-file file 以HTML的格式输出易于阅读的质控报告。 bwa-mem 输入参数 fq-file1 file 测序得到的fastq1文件。
或合成路径规划或自由能微扰后，单击“确定”即可创建下游分析。 单击“下载3D”可以下载小分子或复合物，小分子支持SDF和PDB格式，复合物只支持PDB格式。 单击“查看详情”可以直观查看小分子的结合能和属性信息。 图11 查看详情 单击按钮，可以收藏对接结果，收藏后可直接在收藏夹页查看。
8g，高优先级的先投递。 图1 新建作业 单击“确定”，进入启动作业页面。 （可选）在启动作业页面，可以通过，添加作业相关参数。 上传参数的模板可以通过单击进行下载。 如果流程设置了参数，作业上传的参数将会覆盖流程设置的参数。 单击“启动作业”。 父主题： Nextflow
导入镜像、更新镜像、创建镜像、删除镜像等相关操作API。 数据管理 数据管理 数据归档、数据管理等相关操作API。 数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。 应用管理 应用管理 导入应用、创建应用、获取应用详情、删除应用等相关操作API。 流程管理 流程管理 导入流程、创
单击“自由能微扰”功能卡片，进入上传文件页面。 在上传页面右侧，选择上传受体，上传配体，选择中心配体。 上传受体：受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体：配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件，且只支持3D结构。 选择参考配体：当前自由能微扰支持自动规划路径，选择参考配体后系统自动计算，用户也可自主添加或删除配体对。
io/docs/latest/tracing.html 对于pod配置，暂不支持用户侧设置。若用户侧设置的情况下可能会导致对应Process执行失败。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#pod 对于publishDir
缺省值：POCKET_DOCKING 最小长度：0 最大长度：15 reference_file 否 ReferenceLigandFile object 模板配体文件，仅引擎为SIMILAR_DOCKING时提供。 表6 ReceptorDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source
在配置页面，选择靶点文件、探针文件，配置相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件。 探针文件：探针分子建议原子数不超过400，分子量过大可以通过增大探针半径降低失败率，但无法保证一定成功。支持SDF、MOL2、PDB格式文件。若文件中含有多个配体，默认只处理第一个。 时间步长： 默认值为0
目名称，可选。不指定srcproject时，默认为当前项目。例如ngs:1.0:srcproject。 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。 --summary -s 否 流程的简要描述。 --description -d 否 流程的详细描述。 --output_dir -o
-o 否 偏移量，默认为0，取值范围[0,100000000]，只有在--data参数使用时才生效。 --query -q 否 查询条件，格式为{column}::{operator}::{number}。`::`分割一个表达式中的列名、操作符和值。不同类型支持的操作符如下：St
AccessKeyId=ABCDE&Expires=1676759470&Signature=DDDDD" }, { "name" : "report.html", "download_url" : "https://nextflow-cn-north-7-07d79450.obs.cn-north-7
缺省值：POCKET_DOCKING 最小长度：0 最大长度：15 reference_file ReferenceLigandFile object 模板配体文件，仅引擎为SIMILAR_DOCKING时提供。 表7 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String
参数名称：json-file 数据类型：File 必传：是 默认值：/fastp.json 参数4 参数名称：html-file 数据类型：File 必传：是 默认值：/fastp.html 参数1 参数名称：sorted-bam 数据类型：File 必传：是 默认值：/bwa-mem.sorted
workflow作业id name String 作业名称 status String 作业状态 template_id String 生成study作业结果的模板id database_name String study作业结果的数据库实例名称 database_id String study作业结果的数据库实例id
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