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数据在下载的过程中，受网络影响可能出现损坏，下载命令默认会在下载完成后，验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性，以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health download <srcdir> <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写
本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果（https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821），并搭建虚拟药物筛选数据库。 图1 药物筛选之旅 父主题： 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选
对象全路径（项目名称:/路径） name String 名称 type String 枚举值： FILE FOLDER size Long 大小 缺省值：0 create_time String 创建时间 allowed_operate Boolean 可操作标记 缺省值：true
结合口袋，包含口袋中心位置和尺寸大小 表7 BoundingBox 参数 是否必选 参数类型 描述 center 否 Array of numbers 口袋中心坐标; x, y, z轴的坐标 size 否 Array of numbers 口袋尺寸大小; x, y, z轴的大小 最小值：1.7 最大值：500
表4 ConvertFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String
数据在上传的过程中，受网络影响可能出现损坏，上传命令默认会在上传完成后，验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性，以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health upload <srcdir> <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选
得到去接头后fastq格式的reads。 star 使用STAR比对工具将去接头后的reads比对到参考基因组，得到bam文件和多种格式的统计报告。 使用RNA-Seq流程的详细步骤如下所示： 步骤1：订阅流程 步骤2：上传待分析数据 步骤3：创建分析作业 步骤4：查看执行结果 步骤1：订阅流程
'demo-workflow' # 流程名称，取值范围[1,56]，以大小写字母开头，允许出现中划线(-)、下划线(_)、大小写字母和数字，且必须以大小写字母或数字结尾。更新流程时，流程名称不支持修改。 version: '1.0.0'
√ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 开发环境 创建、导入 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 启、停 √ √ √ - - 数据库 创建、导入、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 药物虚拟筛选 创建、修改、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √
项目管理 在“项目列表”中，展示了当前用户有权限访问的项目，以及项目大小、项目成员角色、所有者、状态、是否核心项目、创建时间、更新时间和可执行的操作。 图2 项目列表 查看项目详情 项目详情提供了项目中数据大小、成员、创建时间等信息，您可以通过以下两种方式查看项目信息。 查看项目概览
消息提示。 SUBSCRIBE_DATA 订阅数据。订阅数据时给予消息提示，订阅结果给予消息提示。 DATABASE_IMPORT 导入数据库。导入数据时给予消息提示，导入结果给予消息提示。 JOB_STATUS 作业状态。作业的状态发生跳变时给予消息提示。 MESSAGE_CLEAN
该镜像由bwa和samtool合并而成，镜像制作方法请参见制作bwa-mem镜像。 Insert Size Estimation 针对构建Index后的bam文件，统计测序数据的Insert size的分布。 picard-insertsize:2.23.3 docker pull broadinstitute/picard:2
结合口袋，包含口袋中心位置和尺寸大小 表10 BoundingBox 参数 参数类型 描述 center Array of numbers 口袋中心坐标; x, y, z轴的坐标 size Array of numbers 口袋尺寸大小; x, y, z轴的大小 最小值：1.7 最大值：500
ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String
应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务，快速实现基因组数据分析及AI建模，提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持，让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一，基
结合口袋，包含口袋中心位置和尺寸大小 表11 BoundingBox 参数 参数类型 描述 center Array of numbers 口袋中心坐标; x, y, z轴的坐标 size Array of numbers 口袋尺寸大小; x, y, z轴的大小 最小值：1.7 最大值：500
--data-disk-spec-code -d 否 额外数据盘规格。 --extra-data-disk-size -e 否 额外数据盘大小。 单位：G。 默认值：100。 --zone -z 是 可用区id。如：cn-north-7c。 --purchased-quantity
数据在上传的过程中，受网络影响可能出现损坏，上传命令默认会在上传完成后，验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性，以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health upload <srcdir> <destdir> [flags] 表3 参数说明 参数 简写 是否必选
文件前缀，如NA12878。 输出参数 sorted-bam file 比对和排序之后得到的bam文件。 flagstat-file file 基于bam做统计。 qualimap-bamqc 输入参数 bam-file file 输入已经排序好的bam文件。 输出参数 out-dir directory
每个分段复制任务的段大小，单位：字节，取值范围是100KB~5GB，默认为配置文件中的defaultPartSize。 支持带容量单位配置，例如，配置1MB代表1048576字节。 支持配置为auto，此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd -C
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