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聚类分析 聚类分析工具可以通过骨架聚类方法，将大型小分子数据库中结构相似的化合物聚成一类，从而找到有效骨架 ，辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片，进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式：选择文件和手动输入类型。 上传分子文件：选择
受体蛋白：受体蛋白文件，支持PDB、PDBQT格式。 图3 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板：使用资产市场订阅的流程时，模板已预置，无需选择数据库模板。 数据库名称：数据库的名称。 输出文件格式：可以将流程生成的分子对接结果，保存为
资源监控数据获取 获取资源监控数据 批量获取资源统计数据 父主题： 系统管理
使用rmi命令删除当前项目中指定镜像标签。 对于本项目的私有镜像tag会做彻底删除，即删除数据库记录及远程仓库中的镜像tag。 对于其他项目的导入镜像tag或者资产市场订阅的镜像tag仅删除导入或者订阅关系，即只删除数据库记录。 命令结构 health docker rmi <project-n
分子搜索 可自定义数据库，以用户输入的参考化合物结构为起点，可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
是否必选 参数类型 描述 task_name 是 String 子任务实际名称，取值范围[1,32]，只能以大小写字母开头，由大小写字母、数字、中划线（-）、下划线（_）组成，以大小写字符或数字结尾。需要和已有子任务的名称一致。 最小长度：1 最大长度：32 inputs 否 Array
SDF、PDB、MOL2格式。 受体蛋白：受体蛋白文件，支持PDB格式。 图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称：数据库的名称。 输出文件格式：可以将流程生成的分子对接结果，保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking
否 Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 10 custom_databases 否 Array of strings 可供搜索分子的自定义数据库id列表。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0
获取系统资源 使用get命令获取购买的计算资源、性能加速资源、数据库资源、存储资源列表。 命令结构 health get resource [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --type -t 是 名称，支持computing、performance、d
最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size 是 Array of floats 口袋尺寸大小； x, y, z轴的大小。 最小值：2 最大值：500 数组长度：3 - 3 padding 否 Float 填充。 最小值：0 最大值：20 表8 ReferenceLigandFile
PAINS： 频繁命中化合物过滤，PAINS数据库具有480个子结构。 结果解释：数值代表有多少个子结构匹配该数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 ALARM NMR Rule： 频繁命中化合物过滤，ALARM NMR数据库具有75个子结构。 结果解释：同PAINS。
上传小于1GB数据 上传数据 上传数据是最常用的添加数据功能，但由于网页传输大文件时存在一定的限制，所以上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中，这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员，请参考用户指南中的项目成员和权限。
最大长度：128 template_id 否 String 数据库模板id 最小长度：1 最大长度：128 database_name 是 String 数据库名称 最小长度：3 最大长度：32 relative_path 是 String 生成数据库实例的文件相对路径 最小长度：0 最大长度：1024
CSS常见问题 如果子用户看不到“CSS资源列表”，需要授权子用户CSS权限。 如果在创建和追加数据库的过程，显示资源不足，需要扩容CSS集群。 若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。
最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size 是 Array of floats 口袋尺寸大小，x、y、z轴的大小。 最小值：2 最大值：500 数组长度：3 - 3 padding 否 Float 填充。 最小值：0 最大值：20 表7 DrugFile
的使用情况、购买记录以及购买套餐包，也可以绑定CSS资源详细的购买步骤可以参考购买资源，此功能只支持专业版。 绑定CSS资源 使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源，购买步骤参考购买资源，绑定具体操作如下： 在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。
最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size Array of floats 口袋尺寸大小； x, y, z轴的大小。 最小值：2 最大值：500 数组长度：3 - 3 padding Float 填充。 最小值：0 最大值：20 表9 ReferenceLigandFile
z轴的坐标。 最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size Array of floats 口袋尺寸大小；x, y, z轴的大小。 最小值：2 最大值：500 数组长度：3 - 3 请求示例 { "mode" : "AUTO", "receptor_file"
最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size 是 Array of floats 口袋尺寸大小； x, y, z轴的大小。 最小值：2 最大值：500 数组长度：3 - 3 padding 否 Float 填充。 最小值：0 最大值：20 表8 PocketFragment
Reads比对到参考基因组上，同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测 基于上述比对得到的bam文件，通过GATK4做Variant Calling，输出变异检测结果。 基因组变异检测质控 通过VariantQC对vcf进行质量控制，输出变异数目，变异类型统计等指标。 流程优势 使用Unix
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