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logD ≤5。 结果解释:满足以上条件,代表具有较好的成药性特征。 PAINS: 频繁命中化合物过滤,PAINS数据库具有480个子结构。 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配该数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 ALARM NMR Rule: 频繁命中化合物过滤,ALARM
参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --domain-name -d 是 与管理员(购买平台的账户)的账号名一致。 --user-name -u 是 子用户的用户名。 管理员(购买平台的账户)登录时,user-name和domain-name一致。 --password -w 是
在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow-1.8”。 在新建的Notobook中,在代码输入栏输入如下命令。
文件。 如果流程文件上传的是zip包,则可以选择添加“主文件”。主文件必须为.nf,为压缩文件夹中的文件完整路径。例如:main.nf。若不填写,默认为main.nf。 支持上传的文件格式为nf、 zip,大小不能超过10M。zip包文件个数规格为1024个,单个文件解压后限制,不超过10M。
建完成后可以直接使用FastQC应用,或将其编排至流程,和其他应用一起使用。 创建FastQC应用时,需要您熟悉该软件的使用,并具备一定的开发经验。FastQC的详细介绍请参考FastQC介绍。使用EIHealth平台创建FastQC应用的详细步骤如下所示: 步骤1:搭建Docker环境
镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询,复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。 process test { container 'swr.${regionID}.myhuaweicloud.com/eihealth/admet:2
高。 数组长度:0 - 2 weak_constraints Array of WeakConstraintDto objects 弱约束集合。 strong_constraints Array of StrongConstraintDto objects 强约束集合。 sampler_mixin_weight
"password": "**********", "domain": { "name": "domainname" } } } }, "scope":
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建完成后可以直接使用FastQC应用,或将其编排至流程,和其他应用一起使用。 创建FastQC应用时,需要您熟悉该软件的使用,并具备一定的开发经验。FastQC的详细介绍请参考FastQC介绍。使用EIHealth平台创建FastQC应用的详细步骤如下所示: 步骤1:搭建Docker环境
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指定job-id时,列出具体作业的信息。可以同时指定多个job-id。 不带--detail参数,以yaml格式展示作业基本信息。 带--detail参数,以json格式展示作业基本信息。 --detail -d 否 配合ID使用,返回作业的详细信息。 --sample -s 否 获取作业模板,模板为yaml格式。
单击“分子对接”功能卡片,进入分子对接受体预处理页面,单击上传受体文件,进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式,若文件中存在多个受体,默认只处理第一个。受体文件支持上传1个或者多个文件,最多支持输入20个受体文件,文件来源包含数据中心、PDB库、示例数据。 图1 上传受体文件 受体预处理参数配置。
alth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 步骤1:新建fastqc镜像
药物虚拟筛选平台的输入数据,需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求,将数据上传至项目中。 输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。
LTS - openEuler 20.09 LTS版本,本文中提到的所有Linux操作系统均需要以此处描述的版本为准。)和macOS,满足不同开发者需求。 产品功能 eihealth-toolkit提供了以下功能: 系统设置 您可以使用该工具获取系统标签、系统资源、系统配额信息、消息
中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件 在“工具”中完成流程创建。 在“数据库”中完成样本集的数据库创建。数据库的每一行对应一个任务,如果满足触发条件,就会在平台自动运行,并在分析任务列表添加一条记录。 创建自动作业 在“作业”页面左侧,单击“自动作业”页签。 在页面左上角单击“新建自动作业”。
添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 存在一个创建好的项目。 单击项目名称后面,进入项目设置页。 选择“成员管理”,单击“添加成员”。 图1 添加成员 选择已添加至平台的成员名称及权限。
工具管理简介 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”