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命令中的archive-region可替换为backup-region 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-region 无 是 归档区域。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health
填写作业参数配置。填写完成后，单击“下一步：设置流程参数”。 作业名称：可选择“数据库表”、“自定义”或“自动生成”。 标签：设置作业标签。 描述：根据需要填写。 输出路径：可选择“数据库表”和“自定义”。选择“自定义”时，存放输出结果的路径，格式以/开头。例如项目中的outpu
AutoGenome-Examples 表2 AutoGenome示例 示例名称 说明 single_cell_rfcn_densenet.ipynb 基于RFCN-DenseNet和表达谱对单细胞发育时期进行分类。 pbmc_res_vae.ipynb 基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维。
不包含源对象的匹配模式，如：*.txt。批量移动时该参数可选。 支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符。例如，abc*.txt代表匹配以abc开头以.txt结尾的任意文件。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身，使用“\?”代表匹配“?”字符本身。如果待移动的对象名匹配该参数，则跳过该对象的移动。
创建子目录 使用mkdir命令，在当前目录下创建子目录，此命令不支持在引用的项目中创建子目录。 命令结构 health mkdir <name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 name 无 是 子目录的名称。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。
安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 EIHealth平台用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置，可创建平台的子用户，并为其分配权限。详细介绍请参见用户管理。 项目级别用户管理 资源级的角色配置，以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组，以便用
手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。 配置成功后，单击“提交”。 查看分子对接结果。 如果是多受体对多配体，打开作业结果页面可以看到结合能二维矩阵，支持分别按照靶点和小分子进行排序。 图4 查看输出结果（1） 单击受体结合能框，跳转到单受体对多配体的结果表页面，可以下载全量及单条对接结果。
[flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 instance-id 无 是 数据库实例id，其中引用数据库实例时可以引用多个数据库实例，用分号(;)分隔；导入数据到数据库时不支持多个实例id。 --project -p 否 源项目名称，使用此参数时代表引用数据库实例。
网络下载链接对应的md5列表，值用; 分隔，和网络数据链接一一对应。值用于下载完后对文件进行md5校验。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。
指定用户的securitytoken。 --v -v 否 按指定的对象名前缀批量删除多版本对象和多版本删除标记。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 删除单个数据 health rm /src2/test
<instance-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 task-name 无 是 任务名称。 --job-id -j 是 作业id。 --instance-name -n 是 实例名称。 --event -e 否 该参数用于获取任务实例事件列表。不带该参数，默认输出任务实例详情（默认json格式）。
命令结构 health ls <path> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 path 无 否 路径名称。 不指定path时，列举当前目录下的所有对象。 指定path为根目录时，列举根目录下本项目的对象和引用的对象。返回的查询结果中，引用的对象使用*标识。如果
单击“合成路径规划”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，可以在左侧绘制分子，也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件：支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数：合成路径规划的路径数量。路径数量增加，将展示更多的合
-to-pdbqt、receptor-pdb-to-pdbqt、qvina-w、docking-summary应用构成，各应用说明如表1所示。 表1 应用说明 应用名称 说明 ligand-smiles-to-3dsdf 将配体的smiles结构式转换为sdf文件。 ligand-3dsdf-to-pdbqt
Array of strings 计算节点标签 表5 TaskResourceDto 参数 参数类型 描述 cpu String cpu申请使用量，取值范围[0.1-128]，单位C，支持一位小数。对于应用，不填默认1C；对于流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用
如果msm=1则代表上传的URL是一组文件/文件夹列表（以英文逗号分隔）。如果文件/文件夹名本身包含英文逗号，请不要使用msm=1的模式。 如果msm=2则代表上传的URL是一个包含文件/文件夹列表的文件。 多文件/文件夹上传时必选，如果没有设置--recursive参数，则列表中的文件夹不会被上传。
submit命令引用本地的配置文件，启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 是 本地的作业模板路径。获取作业模板方法请参见作业配置文件说明。
法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的
TaskResourceDto object 应用申请资源 io_acc_type 否 String 子任务使用的IO加速实例类型，不填表示不使用； 最小长度：0 最大长度：128 表5 TaskParameterDto 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 子任务的参数名称，长度为[1
默认值：/samtools-flagstat.txt 表2 qualimap-bamqc、picard-insertsize应用参数说明 应用名称和版本 应用名称：qualimap-bamqc 版本：2.0.0 应用名称：picard-insertsize 版本：2.23.3 镜像和启动命令 镜像：qualimap-bamqc:2
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