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获取子任务实例信息 功能介绍 获取子任务实例信息 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/tasks/{task_name}/instances 表1 路径参数 参数
添加数据 在添加数据前,您可以创建存储数据的文件夹,将数据存储在对应的文件夹中。如果已有存储数据的文件夹,可以直接添加数据。 (可选)新建文件夹 在项目页面选择“数据中心”。 单击“新建文件夹”,创建文件夹。 图1 新建文件夹 文件夹名称命名规则: 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹
项目成员和权限 医疗智能体以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户
列举study所有作业 功能介绍 列举study所有作业 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects
新建应用 详细的创建应用过程、镜像填写方法、参数填写方法,请参考创建应用样例章节。 单击“新建应用”,进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息,包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理
创建应用 功能介绍 创建应用 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节,设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面,填写作业信息。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 输出路径:存放输出结果的路径,格式以
获取数据作业列表 功能介绍 获取数据作业列表 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects
添加数据 在添加数据前,您可以创建存储数据的文件夹,将数据存储在对应的文件夹中。如果已有存储数据的文件夹,可以直接添加数据。 (可选)新建文件夹 单击项目名称,并选择“数据”。 图1 数据管理 单击“新建文件夹”,创建文件夹。 文件夹名称命名规则: 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹
新建流程 流程说明 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称
获取资产列表 功能介绍 获取资产列表 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/assets 表1 路径参数 参数 是否必选
查询nextflow作业列表 功能介绍 查询nextflow作业列表 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects
查询实例详情 功能介绍 查询实例详情 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id
更新作业 功能介绍 更新作业 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String
数据管理常用操作 复制数据 解除引用 下载数据 禁止/允许删除数据 删除数据 恢复数据 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决
获取模型列表 功能介绍 获取模型列表。 URI GET /v1/{project_id}/drug-models 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 表2 Query
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据,批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何通过循环读取输入数据
创建自动作业 针对存在需要批量创建分析作业的场景,您可以选择创建自动作业。 在“自动作业”页签,您可以查看已创建的自动作业,包含作业名称、状态、数据表、创建者、创建时间;在操作列,您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作,运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件
如何搭建Docker环境 制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像):将软件安装的流程写成
更新应用 功能介绍 更新应用 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps/{app_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 app_id 是 String 应用id 最小长度