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步骤3：初始化配置 在使用命令行工具前，需要初始化配置信息，通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程，Linux和macOS环境配置过程相同。 方法1：使用账号、密码初始化 执行以下命令，进行初始化，命中的xxx和region
步骤3：初始化配置 在使用命令行工具前，需要初始化配置信息，通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程，Linux和macOS环境配置过程相同。 命令结构 执行health config add命令进行初始化配置。 health
MOL 3D Viewer Mol 3D Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。单击“功能模块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”，进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括： 本地分子结构的3D可视化，支持多种显示样式，支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染
计算配体间的3D结构差异 功能介绍 计算配体间的3D结构差异。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/diff3d 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型
获取生成study作业3D结构的内容 功能介绍 获取生成study作业3D结构的内容 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id
方式3：自定义镜像运行FastQC流程 应用是运行作业的最小单位，每个应用依托于一个镜像进行创建。 方式2使用直接制作好的应用。用户也可以自己制作镜像，并基于镜像创建应用。 本示例中制作FastQC镜像，并基于镜像创建应用，运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件，往往由于不同的操作系统
如何在Notebook中安装外部库 在Jupyter Notebook中安装 例如，通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中，选择“New”（新建），然后选择“TensorFlow
简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言，它能够很好的管理生信流程，并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用，可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移，并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的程序模型
查询计算资源 功能介绍 查询计算资源 URI GET /v1/{project_id}/system/computing-resources 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度
虚拟药物筛选简介 虚拟药物筛选功能 医疗智能体平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算蛋白与药物之间的结合能量，进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果，生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象，用于可视化展示。
查询计算资源规格 功能介绍 查询计算资源规格 URI GET /v1/{project_id}/system/computing-resources/flavors 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目
查看执行结果 作业运行完成后，可以在“作业中心”页面，单击作业名称，查看输出结果和作业信息。 输出结果 当作业执行成功后，可以在作业中心页面，单击作业名称，查看输出结果。 在输出结果中可以查看下载某个任务或者全部任务的信息，可以在操作列查看3D、合成路径等信息。 图1 输出结果-列表视图
关键概念 镜像 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理
镜像管理简介 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理
获取系统资源 使用get命令获取购买的计算资源、性能加速资源、数据库资源、存储资源列表。 命令结构 health get resource [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --type -t 是 名称，支持computing、performance、database
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据，可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台，在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题： 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选
获取数据库列表 功能介绍 获取数据库列表。 URI GET /v1/{project_id}/drug/databases 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128
使用genomeagent镜像 智能体AI Agent，被设计为具有独立思考和行动能力的AI程序，只需提供一个研究目标和数据路径，即可自适应生成一个任务序列执行分析任务。 生信智能体AI Agent可以应对激增的多组学数据分析需求、高成本的生物信息学培训和满足不同应用场景的个性化需求
创建notebook 使用create命令创建notebook。 命令结构 health create notebook <notebook-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-name 无 是 notebook名称。 取值范围
修改计算资源 修改计算资源节点。 命令结构 health edit compute-resources [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 --force -f 否 是否强制操作。 --labels -l 否 需要添加或删除的标签列表。json数组格式。如
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