检测到您已登录华为云国际站账号，为了您更好的体验，建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
检测到您已登录华为云国际站账号，为了您更好的体验，建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
什么是医疗智能体eihealth-toolkit 医疗智能体命令行工具（eihealth-toolkit）是配套EIHealth平台，为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具，可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。
配置命令行工具 步骤1：获取认证信息 步骤2：获取命令行工具 步骤3：初始化配置
步骤3：初始化配置 在使用命令行工具前，需要初始化配置信息，通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程，Linux和macOS环境配置过程相同。 方法1：使用账号、密码初始化 执行以下命令，进行初始化，命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。
-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”，获取平台ID。 图3 个人设置 图4 平台ID 父主题： 配置命令行工具
返回结果 请求发送以后，您会收到响应，包含：状态码、响应消息头和响应消息体。 状态码 状态码是一组从1xx到5xx的数字代码，状态码表示了请求响应的状态，完整的状态码列表请参见状态码。 对于获取用户Token接口，如果调用后返回状态码为“201”，则表示请求成功。 响应消息头 对
当数据过大，或者数据处于服务器上时，页面传输并不是很方便，所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令，将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节介绍如何通过循环读取输入数据，批量运行NGS。同时，您也可以参考本示例，将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。 配置命令行工具 批量执行分析需要通过命令行工具完成。请参考配置命令行工具章节，下载命令行工具并完成配置。 获取NGS作业配置文件
用docker images命令查看镜像是否pull成功。如果您本地已经有很多镜像，防止查询出全部镜像，可在docker images命令后面添加 | grep pegi3s使查询更精准。 查询fastqc软件命令。非常熟悉fastqc软件则可跳过此步骤。 复制上一步查找到的fastqc的id。利用docker
本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。 例如，使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。
<image-name:tag-name> [flags] # 命令示例 health docker push project-demo-image:v1.0 执行health docker images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 单击“镜像”，在镜像列表中查看已上传的镜像。
Hub获取bwa软件（用于将基因序列比对到参考基因组上）。 以下类型镜像，建议您通过Docker Hub获取，不建议自己制作。 基础操作系统类镜像，如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像，如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像，如Tomcat、Mysql、Ngnix等。 获取创建Notebook的镜像
代码单元格。每一个Cell有两种模式：命令模式和编辑模式。 最左侧为蓝色条时，是命令模式，绿色条表示编辑模式（此时Cell中有光标，可以进行代码编写）。在命令模式下，按下“Enter”键或者鼠标单击代码框可以进入编辑模式。在编辑模式下，按下“ESC”键或者鼠标单击代码框左侧区域即可进入命令模式。 删除文件或文件夹
通过在本地修改应用的yaml模板，上传应用至项目中。 获取应用yaml模板。 单击“上传应用”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get app -s命令获取创建应用的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。
地。您也可以使用命令行工具实现数据的下载。 在EIHealth平台“项目 > 数据”页面，展开数据文件夹，选择待下载的数据。 单击“操作”列“下载”。 单击鼠标右键，选择“链接另存为”，下载数据。 图1 下载数据 使用命令行工具下载数据 使用download命令将EIHealth
通过在本地修改流程的yaml模板，上传流程至项目中。 获取流程yaml模板。 单击“上传流程”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。
自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装，用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境，或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如，在Linux操作系统下，可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get
图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。 填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量，并以大括号扩起，以$符号进行引用。 镜像启动命令支持多行输入，每行最多256字符，最多支持300行。 例如，bamqc软件输入参数填写为g
在代码输入栏输入以下命令，获取激活TensorFlow-1.8的命令并激活环境。 cat /home/ma-user/README source /home/ma-user/anaconda3/bin/activate TensorFlow-1.8 如果使用其他引擎，请将命令中“TensorFlow-1
算路径上的，删除该条待计算路径。 图2 添加或者删除待计算路径 图3 选择配体对 返回相似度后默认全勾选，您可以进行勾选或去除勾选要计算的路径，如果未勾选，则后面就不会对其进行FEP计算。在相似度返回之前，您也可以直接选择配体对进入下一步。 图4 选择计算路径 单击“下一步”，进入FEP设置页面，设置相关参数。
配体格式转换为SMILES 功能介绍 配体格式转换为SMILES，若配体文件中存在多个分子，则只取第一个返回。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/smiles
长按/截图保存，微信识别二维码
或者关注公众号“华为云”
