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计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。
自动作业结束时间 database_id String 自动作业依赖的数据库ID database_column String 自动作业状态更新列 database_column_type String 自动作业状态更新列的类型,不填默认为EXISTED clean_database_column
形成自定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理 数据管理常用操作 命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业 1. 制作镜像 2. 创建应用 3. 搭建流程
计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用和作业都配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置? 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
单击按钮,进入参数设置页面,可查看修改参数。 名称:应用的原始名称。 版本:应用版本。 显示名称:应用在流程中的显示名称,可修改。 镜像启动命令:镜像启动的命令。可在右上角放大查看,在右下角下拉查看。 源项目:显示应用隶属的项目。 输入参数:由用户在创建应用时定义。 输出路径:输出数据的存放路径,可修改。
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
数据同步。 表1 上传数据方法 上传方法 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48
按需”计费,无需选择购买时长。 勾选自动续费后,系统将在产品到期前自动续费,无需用户再手动操作。按月购买,自动续费周期为一个月。 单击“下一步”,确认订单详情。 单击“立即购买”,并支付订单,完成服务购买。 购买成功后,需要大约30分钟时间完成服务自动部署,请耐心等待。部署完成后
数据管理 数据管理简介 添加数据 发布数据 数据管理常用操作 归档数据 数据控制与数据审计 命令行工具概述 父主题: 用户指南(基因平台)
按需”计费,无需选择购买时长。 勾选自动续费后,系统将在产品到期前自动续费,无需用户再手动操作。按月购买,自动续费周期为一个月。 单击“下一步”,确认订单详情。 单击“立即购买”,并支付订单,完成服务购买。 购买成功后,需要大约30分钟时间完成服务自动部署,请耐心等待。部署完成后
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台
} 响应示例 状态码: 201 自定义属性任务成功提交响应,返回自定义属性ID "87ba6b54-2288-4a5d-90a2-3db01c22a9d2" 状态码 状态码 描述 201 自定义属性任务成功提交响应,返回自定义属性ID 错误码 请参见错误码。 父主题: 自定义属性任务(MCP)
项目开发者可在项目内执行完整的操作,如Notebook、流程管理等,但无项目分享等权限。 上传者 项目数据上传者,可通过EIHealth平台或命令行工具上传数据。无法执行流程和Notebook等操作。 观看者 项目查看人员仅具备项目查看权限,无项目操作权限。 表2 角色权限 成员角色
s力场与配体力场gaff/gaff2不兼容,如果蛋白力场选择了gromacs力场,则不支持上传配体。 图1 设置靶点优化配置页面 单击“下一步”,配置靶点优化配置参数。 MD引擎:仅支持GROMACS。 时间步长:MD模拟的时间步长,范围支持0<时间步长≤5fs,默认是2fs。
下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据”页面下载数据至本地。您也可以使用命令行工具实现数据的下载。 展开数据文件夹,选择待下载的数据。 单击“操作”列“下载”。 单击鼠标右键,选择“链接另存为”,下载数据。 图6 下载数据
用户组B里有50个用,两者之间有10个用户重复,那么同时选择用户组A和B,统计时显示已选择90个用户。 如果导入后用户状态显示异常,需联系技术支持处理。 单击“下一步”,设置角色。设置是否为“系统管理员”。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,单击“关闭”。可以在用户管理页面查看导入成功的用户信息。
计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。
用户组B里有50个用,两者之间有10个用户重复,那么同时选择用户组A和B,统计时显示已选择90个用户。 如果导入后用户状态显示异常,需联系技术支持处理。 单击“下一步”,设置角色。 角色:支持管理员和操作员两种角色,默认为操作员。权限描述可以参考表2。 用户资源配额:设置用户的个人资源配额。详细请参考个人资源配额。
作业完成时间 failed_message String 作业运行失败描述信息,当作业执行失败时会返回 failed_reason String 作业运行失败原因,当作业执行失败时会返回 tool_info ToolInfoDto object 流程信息 tasks Array of