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String 小分子名称。 最小长度:0 最大长度:128 表4 ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值:
分子搜索 可自定义数据库,以用户输入的参考化合物结构为起点,可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0 - 10 custom_databases Array of strings 可供搜索分子的自定义数据库名称列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0 -
受体蛋白:受体蛋白文件,支持PDB、PDBQT格式。 图3 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板:使用资产市场订阅的流程时,模板已预置,无需选择数据库模板。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为
String 分子骨架表达式。 最小长度:1 最大长度:1024 top_n 否 Integer 最相似的top_n个。 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 databases 否 Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。 最小长度:1 最大长度:128
upstream_job_info String 上游作业信息。 表5 Progress 参数 参数类型 描述 overall Float 整体进度。 estimated_finish_time Long 预计结束时间,毫秒。 表6 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述
单击“添加”,设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图3 设置成员角色 单击“确认”,将用户添加至项目中。 方法二 在项目列表中,单击“操作”列“分享”。 图4 分享项目 输入已添加至平台的用户的全称。 图5 输入用户名全称 单击“添加”,设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图6 设置成员角色
最大长度:128 database_name 是 String 数据库名称 最小长度:3 最大长度:32 relative_path 是 String 生成数据库实例的文件相对路径 最小长度:0 最大长度:1024 output_file_type 是 String 生成数据库实例的文件类型。枚举值:csv、txt、vcf
响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 receptors Array of DockingReceptorDto objects 受体文件列表。 数组长度:1 - 20 ligands
使用get命令获取购买的计算资源、性能加速资源、数据库资源、存储资源列表。 命令结构 health get resource [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --type -t 是 名称,支持computing、performance、database、storage,分别代表计算资源、性能加速资源、数据库资源和存储资源。
最大长度:32 smiles String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 表8 DrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。
template_id String 生成study作业结果的模板id database_name String study作业结果的数据库实例名称 database_id String study作业结果的数据库实例id relative_path String 生成study作业结果的文件的相对路径
CSS常见问题 如果子用户看不到“CSS资源列表”,需要授权子用户CSS权限。 如果在创建和追加数据库的过程,显示资源不足,需要扩容CSS集群。 若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。
add_hydrogen 否 Boolean 增加氢原子。 缺省值:false 表4 ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值:
PocketFragment objects 配体文件列表。 数组长度:1 - 1 num_trials Integer 生成分子数量。 最小值:1 最大值:5000 缺省值:1000 model_list Array of BasicDrugModel objects 模型列表。 molecular_weight
SDF、PDB、MOL2格式。 受体蛋白:受体蛋白文件,支持PDB格式。 图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking
转换后文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI。 最小长度:0 最大长度:6 表4 ConvertFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET
200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 receptors Array of 表14-14 objects 受体文件列表。 数组长度:1 - 100 ligands Array of 表14-15
upstream_job_info String 上游作业信息。 表5 Progress 参数 参数类型 描述 overall Float 整体进度。 estimated_finish_time Long 预计结束时间,毫秒。 表6 TargetOptReceptor 参数 参数类型 描述
的使用情况、购买记录以及购买套餐包,也可以绑定CSS资源详细的购买步骤可以参考购买资源,此功能只支持专业版。 绑定CSS资源 使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源,购买步骤参考购买资源,绑定具体操作如下: 在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。