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在“工具”页面选择“流程”或“应用”。 选择需要发布的流程,单击“操作”列“更多”>“下载”。 图1 下载应用 下载内容不包含应用和流程的id,所有引用关系通过名称和版本来指定。 父主题: 工具管理
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
health-toolkit。数据上传可参考上传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询,创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。 镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询,复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。
PAINS: 频繁命中化合物过滤,PAINS数据库具有480个子结构。 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配该数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 ALARM NMR Rule: 频繁命中化合物过滤,ALARM NMR数据库具有75个子结构。 结果解释:同PAINS。
最大长度:10240 表5 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String
预计结束时间,毫秒。 表6 DrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String
最大长度:10240 表5 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String
作业日志存储链接 pod_create_time String task的pod创建时间 pod_start_time String task的pod启动时间 job_failed_times Integer task的cce job失败次数 表14 IoAccInfoDto 参数 参数类型
144000],单位分钟,默认1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 流程的当前工作目录,默认为根目录,用户可显式指定;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\ : ; * ? < " >
144000],单位分钟,默认1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 流程的当前工作目录,默认为根目录,用户可显式指定;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\ : ; * ? < " >
流程针对GATK4中的限速步骤,进行了系统的优化加速。流程从contig-file中提取contig,根据contig下发对应的任务,并依据不同任务,指定并行下发的任务数,以降低流程整体的运行时间。 流程执行信息 NGS流程由fastp、bwa-mem、picard-insertsize、q
如果当前目录不是health所在目录,需要使用绝对路径。如当前目录为/opt,假设health存放在/root/health-toolkit/下,需要指定/root/health-toolkit/health路径进行使用。 如果无法运行,提示Permission denied,使用chmod
预计结束时间,毫秒。 表6 DrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String
srcdir 无 是 源路径。 destdir 无 是 目的路径。 --rename -e 否 重命名。 --recursive -r 否 按指定的对象名前缀批量下载,批量下载时必选。 --force -f 否 强制操作,不进行询问提示,批量下载时可选。 --flat -l 否 批量
级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 镜像 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 项目 项目是EIH
查询作业 功能描述 查询指定job详情。 命令结构 health nextflow get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 job id,不指定job-id时,列出当前project的全部job的基本信息。 --type
骨架跃迁:会替换您所去掉的关键骨架,生成新颖的小分子。 片段生长:选择保留部分片段后,会在您删除的方向进行补充,生成新颖的小分子。 从头生成:通过指定的口袋从头生成小分子。 选定设计方式后,上传靶点结构,并配置其他参数。 图1 查看配置页面 靶点结构:选择靶点结构文件,仅支持PDB格式。
data_disk_size 否 Integer 额外数据盘大小 最小值:100 最大值:32768 响应参数 无 请求示例 创建计算资源,指定可用区、规格,购买一台 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project
平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 EIHealth平台使用容器镜像服务(Software
导入网络数据。导入网络数据时给予消息提示,导入结果给予消息提示。 SUBSCRIBE_DATA 订阅数据。订阅数据时给予消息提示,订阅结果给予消息提示。 DATABASE_IMPORT 导入数据库。导入数据时给予消息提示,导入结果给予消息提示。 JOB_STATUS 作业状态。作业的状态发生跳变时给予消息提示。 MESSAGE_CLEAN