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启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件,启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
作业配置文件说明 流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。
启动notebook 使用start命令启动notebook。 命令结构 health start notebook <notebook-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 --project
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件,启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
144000],单位:分钟,默认数值1440 最小值:1 最大值:144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则已指定路径为准;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\
在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出,对于由多个应用搭建出来的流程,命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系,完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程,创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。 获取流程模板 使用health
启动计算资源 功能介绍 启动计算资源 URI POST /v1/{project_id}/system/computing-resources/{id}/start 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
启动自动扩容策略 功能介绍 启动自动扩容策略 URI POST /v1/{project_id}/system/autoscaler/scale-out-policies/{id}/start 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
启动自动作业 功能介绍 启动自动作业 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs/{auto_job_id}/start 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
描述 type String 任务启动事件类型 count Integer 任务启动事件发生次数 reason String 任务启动事件状态 message String 任务启动事件详细信息 first_timestamp String 任务启动事件首次上报时间 last_timestamp
应用的参数和镜像启动命令如何设置? 创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照F
引用数据库或者导入数据到指定数据库 使用import命令引用数据库实例到当前所在项目或者导入数据到指定数据库。 命令结构 health import database instance <instance-id> [flags] 或者 health import db instance
创建数据库模板 使用create命令创建数据库模板。 命令结构 health create database template <template-name> [flags] 或者 health create db template <template-name> [flags]
导入数据库模板 使用import命令导入别的项目的数据库模板到当前项目,暂只支持导入单个模板。 命令结构 health import database template <template-id> [flags] 或者 health import db template <template-id>
EIHealth作业管理命令 作业配置文件说明 启动作业 查询作业详情 删除指定作业 重试作业 取消作业 导出作业 获取任务实例
用于让应用调度到设置了该标签的节点上。 标签数量取值范围[0,1]。单个标签最大长度为63字符,必须以health.开头。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 如果同时使用yaml模板和参数命令对描述、标签等参数进行了修改,最终修改结果以参数命令为准。 对于可选参数,如
图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。 填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号扩起,以$符号进行引用。 镜像启动命令支持多行输入,每行最多256字符,最多支持300行。 例如,bamqc软件输入参数填写
使用create app命令引用本地的配置文件,创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description -d
使用create workflow命令引用本地的配置文件,创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。 --description