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图12 性能加速节点信息 购买数据库 使用数据库功能前,需要先购买数据库,数据库只能购买一个。 在“数据库”页面,单击“购买数据库”。 选择“数据库规格”、“性能规格”、“磁盘加密”、“计费模式”、“购买时长”、“购买数量”。 图13 购买数据库 数据库规格:选择“标准版”。 性能规格:根据您的需求选择规格。
分子搜索 可自定义数据库,以用户输入的参考化合物结构为起点,可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
配体列表可显示总条数,但最多展示1000个小分子,对接时使用全量小分子。配体来源包含:数据中心、示例数据、公共库。且公共库预置了分子数据库,包含了陶术数据库、DrugSpaceX数据库、DrugBank数据库可以进行使用,单击“公共库”,可以进行选择。 图2 选择配体文件 单击“下一步”,在对接设置页面配置相关参数。
在苗头化合物发现阶段,提供分子对接、口袋分子设计,分子属性预测功能,在分子对接中,预置了大量的分子库可供选择。 先导化合物优化 在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子设计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对
CSS集群管理 药物通用接口 药物数据库管理 药物作业管理 自由能微扰作业管理 分子对接作业管理 分子合成路径规划作业管理 分子优化作业管理 靶点口袋发现作业管理 靶点口袋分子设计作业管理 分子属性预测作业管理 分子搜索作业管理 分子生成作业管理 CPI作业管理 靶点优化作业管理 聚类分析作业管理
查询分子优化任务 功能介绍 通过分子优化任务ID查询分子优化任务状态及结果。 URI GET /v1/{project_id}/task/optimization/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id
对接引擎类型:DSDP、AutoDock Vina。 单击“下一步”,进入优化设置页面。 图7 优化设置页面(1) 图8 优化设置页面(2) 单击“提交”。 查看运行结果 可以以列表的形式查看分子优化的作业,单击左上角“下载”,下载分子优化的结果或者分子3D构象。如果分子设置了靶点,可以下载小分子
状态码: 201 分子优化任务成功提交响应,返回分子优化任务ID "87ba6b54-2288-4a5d-90a2-3db01c22a9d2" 状态码 状态码 描述 201 分子优化任务成功提交响应,返回分子优化任务ID 错误码 请参见错误码。 父主题: 分子优化(MO)
String 自动作业的描述,取值范围:输入字符最大长度为255 最大长度:255 database_id 是 String 自动作业依赖的数据库ID 最小长度:1 最大长度:128 database_column 是 String 自动作业状态更新列 最小长度:1 最大长度:55
"project:/dir/file" }, "count" : 100 } ], "engine" : "AUTODOCK_VINA", "job_result" : { "total_count" : 10, "failed_count" : 1 }, "cluster_result"
标签页面管理 导入镜像、更新镜像、创建镜像、删除镜像等相关操作API。 数据管理 数据管理 数据归档、数据管理等相关操作API。 数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。 应用管理 应用管理 导入应用、创建应用、获取应用详情、删除应用等相关操作API。 流程管理 流程管理
否 Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0 - 10 custom_databases 否 Array of strings 可供搜索分子的自定义数据库id列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0
获取系统资源 使用get命令获取购买的计算资源、性能加速资源、数据库资源、存储资源列表。 命令结构 health get resource [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --type -t 是 名称,支持computing、performance、d
为了全面、系统地评估药物对新冠病毒所有靶点蛋白的结合情况,华为云联合多家科研单位,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取靶点蛋白的3D结构。对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,同时从21个蛋白的角度
参数类型 描述 file 是 FastaReceptor object 受体文件。 preview_count 否 Integer 预览数量。 最小值:0 最大值:100 缺省值:1 count_limit 否 Integer 计数上限。 最小值:0 最大值:100 缺省值:100 表4
靶点优化 靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类,实现靶点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。
String 生成study作业结果的模板id database_name String study作业结果的数据库实例名称 database_id String study作业结果的数据库实例id relative_path String 生成study作业结果的文件的相对路径 output_file_type
是 DrugFile object 配体文件。 preview_count 否 Integer 预览数量,若分子数量大于预览数量,则超出预览数量部分只做计数。 最小值:0 最大值:1000 缺省值:100 count_limit 否 Integer 计数上限,若分子数量大于计数上
of integers 分子量范围。 最小值:1 最大值:1000 数组长度:2 - 2 optimization_mode String 优化类型。 枚举值: generation side_chains_decoration scaffold_hopping fragment_growing
医疗智能体EIHealth平台迭代更新 支持消息、邮件、安全、商标设置。 支持通过命令行工具对平台进行管理和使用,支持Windows、Linux系统。 开放API 优化 优化流程的搭建和运行过程。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2020年11月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 平台界面