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上传数据文件 功能介绍 上传数据文件 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/
清理本地记录的上传文件 上传对象时，支持断点续传功能，本地因此可能会残留上传异常产生的文件，可以使用该命令对异常文件进行清理。 命令结构 health clear [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 upload -u 是 上传文件时，本地生成的断点目录。
上传小于1GB数据 上传数据 上传数据是最常用的添加数据功能，但由于网页传输大文件时存在一定的限制，所以上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中，这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员，请参考用户指南中的项目成员和权限。
否 重命名，上传文件时可选。 --recursive -r 否 递归上传文件夹中所有的文件和子文件夹，上传文件夹时必选。 --force -f 否 强制操作，不进行询问提示，上传文件夹时可选。 --flat -l 否 上传文件夹时，只上传该文件夹下的所有内容，上传文件夹时可选。 --update
上传应用 通过在本地修改应用的yaml模板，上传应用至项目中。 获取应用yaml模板。 单击“上传应用”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get app -s命令获取创建应用的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.tx
否 重命名，上传文件时可选。 --recursive -r 否 递归上传文件夹中所有的文件和子文件夹，上传文件夹时必选。 --force -f 否 强制操作，不进行询问提示，上传文件夹时可选。 --flat -l 否 上传文件夹时，只上传该文件夹下的所有内容，上传文件夹时可选。 --update
数据的上传和下载 在Notebook页面，可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时，您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
上传流程 通过在本地修改流程的yaml模板，上传流程至项目中。 获取流程yaml模板。 单击“上传流程”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或
户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。 每个分段复制任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的copy子文件夹下，分段任务执行成功后，对应的断点记录文件会被自动删除；分段任务执行失败或被中断后，下次执行该分段任务时会尝试通过对应的断点记录文件恢复任务。 --jobs
使用命令行工具，用mkdir命令创建存储数据的文件夹。 例如，使用health mkdir input-data命令创建名为input-data的文件夹。 将本地数据上传至项目文件夹中。 例如，将Linux系统下root/health_test路径中xxx.R1.fastq.gz数据上传至ngs-proje
ihealth-toolkit。数据上传可参考上传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询，创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。 镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询，复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。
yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 在本地编写模板，模板中的参数与在EIHealth平台新建应用过程一致。模板修改好后，再使用命令行工具上传模板，创建应用。 修改模板时，需填写镜像地址，获取方法请参见获取镜像地址。镜像制作和上传方法请参见镜像管理和创建FastQC应用样例。
通过OBS同步数据 “Upload”上传数据大小受限时，您可以通过以下多种方式将文件上传到OBS中，通过OBS与Notebook进行数据同步。 表1 上传数据方法 上传方法 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据，支持上传最大为1GB的单个文件。 使用命令行工具上传 命令行工具（eih
Long 指定下载对象的结束位置 最小值：0 最大值：9223372036854775807 响应参数 无 请求示例 文件下载，其中文件类型为PUBLIC，文件链接如下。 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{proj
点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片，进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件，文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体，默认只处理第一个。 靶点预处理： 去配体：提交任务时系统会自动删除配体。 是否平衡电荷：是否加入离子，使体系电荷守恒，默认是平衡电荷。
-s命令获取启动分析作业的模板，复制并保存模板至本地，您可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 在本地编写模板，模板中的参数与在EIHealth平台启动作业过程一致。模板修改好后，再使用命令行工具上传模板，启动分析作业。 # 详情说明可参考API文档中作业管理-创建作业
单击“下一步”，添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”，添加流程文件。 如果流程文件上传的是zip包，则可以选择添加“主文件”。主文件必须为.nf，为压缩文件夹中的文件完整路径。例如：main.nf。若不填写，默认为main.nf。 支持上传的文件格式为nf、 zip，大
体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片，进入上传文件页面。 在上传页面右侧，选择上传受体，上传配体，选择中心配体。 上传受体：受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体：配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件，且只支持3D结构。 选择参考配体：当前自由能微扰支持自动
图1 聚类分析配置页面 输入方式：选择文件和手动输入类型。 上传分子文件：选择可上传的分子文件。分子文件支持SMI格式文件；文件大小不超过5G；小分子支持10-10,000个，超出10,000的分子会进行截断。 输入小分子：可以通过上传文件或输入SMILES以输入小分子。 名称：
可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所有的蛋白质和配体小分子文件里面的小分子进行一一对接。 超时时间 根据受体配体对个数进行调整，一个受体配体对对接大约需要25s。
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