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导入数据库模板 - 医疗智能体 EIHealth
图1 从其他项目导入模板 平台也提供了yaml格式的数据库模板,您可以在本地编辑完成后上传至平台进行使用,数据库模板支持yaml或yml格式,且文件大小不能超过10M。 导入方式选择“上传”,单击“下载示例文件”下载数据库模板示例,编辑后上传模板文件至平台,单击“确定”。
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资产市场简介 - 医疗智能体 EIHealth
docking summary测试数据 配体文件:小分子化合物SMILES结构式文件。 受体文件:蛋白3D结构PDB文件。
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受体预处理 - 医疗智能体 EIHealth
最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。
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数据导入 - 医疗智能体 EIHealth
值用于下载完后对文件进行md5校验。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
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获取Nextflow作业报告 - 医疗智能体 EIHealth
参数 参数类型 描述 name String 报告文件名 最小长度:1 最大长度:1024 download_url String 报告文件下载地址 最小长度:1 最大长度:1024 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 OK { "report_files" : [ {
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查询分子优化作业详情 - 医疗智能体 EIHealth
最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。
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应用管理命令 - 医疗智能体 EIHealth
应用管理命令 应用配置文件说明 创建应用 修改应用 查询应用 删除应用 导入应用
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EIHealth流程管理命令 - 医疗智能体 EIHealth
EIHealth流程管理命令 流程配置文件说明 创建流程 修改流程 查询流程 删除流程 导入流程
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错误码(医疗智能体与盘古辅助制药平台) - 医疗智能体 EIHealth
请选择一种安装方式:指定版本号或上传安装文件 400 eihealth.01090019 The file name is too long. 检查文件名长度是否符合要求。
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盘古辅助药物 - 医疗智能体 EIHealth
盘古辅助药物 为什么下载的部分靶点文件,显示不完整 自定义数据库常见问题
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如何将生物信息学软件封装为镜像并上传? - 医疗智能体 EIHealth
执行vi Dockerfile命令,进入Dockerfile文件中,编写文件。 FROM ubuntu:16.04 # FastQC依赖java运行,需安装java环境。
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自定义镜像创建Notebook样例 - 医疗智能体 EIHealth
存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。
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EIHealth作业管理命令 - 医疗智能体 EIHealth
EIHealth作业管理命令 作业配置文件说明 启动作业 查询作业详情 删除指定作业 重试作业 取消作业 导出作业 获取任务实例
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方式1:使用预置的NGS流程 - 医疗智能体 EIHealth
单击具体的输出参数便可跳转到具体的文件位置。 图14 查看应用信息 图15 查看输入、输出数据位置 单击输出参数路径,可以跳转至输出文件位置。 图16 获取输出数据 父主题: 运行作业
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OBS桶管理 - 医疗智能体 EIHealth
OBS桶管理 获取用户OBS桶列表 获取用户OBS桶内对象 文件下载 父主题: 数据管理
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创建study作业 - 医疗智能体 EIHealth
最小长度:0 最大长度:1024 output_file_type 是 String 生成数据库实例的文件类型。
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药物数据库管理 - 医疗智能体 EIHealth
药物数据库管理 创建数据库 获取数据库列表 删除数据库 更新药物数据库 数据库追加文件 父主题: API(盘古辅助制药平台)
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创建FastQC应用样例 - 医疗智能体 EIHealth
执行vi Dockerfile命令,进入Dockerfile文件中,编写文件。 FROM ubuntu:16.04 # FastQC依赖java运行,需安装java环境。
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受体信息解析 - 医疗智能体 EIHealth
最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。
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引用数据库或者导入数据到指定数据库 - 医疗智能体 EIHealth
--files -f 否 导入文件列表,多个文件用分号(;)分隔,导入数据到数据库时此参数必填。 --current-project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。