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下载数据 - 医疗智能体 EIHealth
--update -u 否 增量下载操作,设置该参数后,下载每个文件时会比对本地的文件,仅在以下情况时下载数据: 文件不存在。 下待载文件大小与本地文件大小不一致。 文件的最后修改时间不一致。
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JupyterLab简介及常用操作 - 医疗智能体 EIHealth
在右侧文件展示区,您可以拖动打开文件,随意调整文件展示位置,可以同时打开多个文件。 图8 多文件任意编排 当在一个Notebook中写代码时,如果需要实时同步编辑文件并查看执行结果,可以新建该文件的多个视图。
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执行分析作业 - 医疗智能体 EIHealth
fastq-file2 file 二代测序fastq的Read2文件。 输出参数 fq-file1 file Read1过滤之后输出fq.gz文件。
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使用Variant Calling Based On NGS流程 - 医疗智能体 EIHealth
输出参数 fq-file1 file Read1过滤之后输出fq.gz文件。 fq-file2 file Read2过滤之后输出fq.gz文件 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。
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什么是医疗智能体eihealth-toolkit - 医疗智能体 EIHealth
eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强: 单一可执行文件,方便拷贝与安装。
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启动作业 - 医疗智能体 EIHealth
未填写则使用配置文件中的项目名。
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作业执行失败排查思路 - 医疗智能体 EIHealth
图1 作业设置 场景2 作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 排查思路 首先需要用户自行确认一下投递的作业是否会在控制台打印日志,如果是有重定向日志输出到具体文件的话,此处无日志为正常现象。
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MOL 3D Viewer - 医疗智能体 EIHealth
导出不同分辨率的图片文件。 播放与制作分子动力学轨迹动画。 父主题: 通用工具
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发布数据 - 医疗智能体 EIHealth
选择需要发布的数据或者文件夹,单击“操作”列的“更多>发布”。 图1 发布数据 在发布页面,填写发布数据的相关信息。 表1 发布数据参数说明 参数 说明 名称 发布数据的名称。名称长度必须为1-128个字符,只支持字母,数字,中划线和下划线。
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分子搜索 - 医疗智能体 EIHealth
图1 分子搜索页面 输入小分子:可以通过输入SMILES、上传文件或者直接绘制输入小分子。最终以SMILES为准。 选择算法:可以选择ECFP4 Tanimoto相似度或者骨架搜索。
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上传小于1GB数据 - 医疗智能体 EIHealth
上传小于1GB数据 上传数据 上传数据是最常用的添加数据功能,但由于网页传输大文件时存在一定的限制,所以上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。
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数据库简介 - 医疗智能体 EIHealth
同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板灵活的定义数据结构,描述数据及其关系。数据库以项目为粒度进行资源的隔离和访问控制,不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。
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下载数据 - 医疗智能体 EIHealth
--update -u 否 增量下载操作,设置该参数后,下载每个文件时会比对本地的文件,仅在以下情况时下载数据: 文件不存在。 下载文件大小与本地文件大小不一致。 文件的最后修改时间不一致。 --parallel -p 否 每个分段复制任务的最大并发数。
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Notebook常用操作 - 医疗智能体 EIHealth
删除文件或文件夹 如果需要在Notebook中删除文件或文件夹,您可以在“Files”列表中勾选待删除的文件或文件夹,然后单击上方的红色删除按钮,即可删除选中的文件或文件夹。 文件或文件夹删除完成后,需单击右上角的刷新按钮刷新页面,清除缓存文件。
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新建流程 - 医疗智能体 EIHealth
单击“下一步”,添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”,添加流程文件。 如果流程文件上传的是zip包,则可以选择添加“主文件”。主文件必须为.nf,为压缩文件夹中的文件完整路径。例如:main.nf。若不填写,默认为main.nf。
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创建虚拟药物筛选任务 - 医疗智能体 EIHealth
task-2-ligand smiles to 3dsdf:将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor pdb to pdbqt:将受体的pdb文件转换为pdbqt文件。 task-4-qvina-w:分子对接。
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使用Docking Summary流程 - 医疗智能体 EIHealth
输出参数 dir-out directory 转换后的受体pdbqt文件所在的文件夹。 qvina-w 输入参数 dir-rec directory 受体pdbqt文件所在文件夹。 dir-lig directory 配体pdbqt文件所在文件夹。
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批量执行NGS分析 - 医疗智能体 EIHealth
获取NGS作业配置文件 编写NGS作业配置文件有两种方式,建议您使用第一种,通过获取已经执行成功的NGS配置文件,并在该配置文件基础上进行修改,得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。
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NGS流程简介 - 医疗智能体 EIHealth
Insert Size Estimation 针对构建Index后的bam文件,统计测序数据的Insert size的分布。 Bam QC 评估比对得到的bam文件的质量。 GATK MarkDuplicates 标记比对bam文件中的重复Reads。
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配置命令行工具 - 医疗智能体 EIHealth
下载链接的内容可以是zip、tar.gz文件、二进制文件,如果是压缩文件,文件夹内的obsutil必须命名为obsutil(和obsutil官方链接保持一致)。 --force -f 否 强制操作。