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最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 asset_id 是 String 镜像资产ID 最小长度:1 最大长度:128 version 是 String 镜像资产版本 最小长度:1 最大长度:128 响应参数 状态码: 200
例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 EIHealth平台使用容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)进行简单易用、安全可靠的镜像管理。
单击“镜像导入”。并选择镜像所在的项目、镜像和镜像版本。 图1 镜像导入 单击“确定”,完成镜像导入。 从其他项目导入的镜像,在镜像列表“源项目”列中,显示所属的项目。
镜像管理 发布镜像 导入镜像 订阅镜像 更新镜像描述信息或者类型 删除镜像仓库 批量删除镜像tag 删除指定镜像tag 获取镜像列表 创建镜像 获取docker login指令 获取指定镜像的tag列表 父主题: 项目管理
镜像管理 镜像管理简介 导入或上传镜像 安装容器引擎 获取镜像 制作Docker镜像 上传镜像到SWR镜像仓库 发布镜像 父主题: 用户指南(基因平台)
genomeagent镜像 使用genomeagent镜像 genomeagent镜像功能点介绍 父主题: 资产市场
制作Docker镜像 制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。
最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。
最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 tags 是 Array of strings 删除镜像tag名称列表 最小长度:1 最大长度:64 数组长度:1 - 10 响应参数 状态码: 200 表4 响应Body参数 参数 参数类型
父主题: genomeagent镜像
最小长度:1 最大长度:128 tag 是 String 镜像版本名称 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。
GPU类型选择“无”。 按需填写内存大小,单位为GB。FastQC运行中所需内存大小依赖于输入数据大小,建议至少1GB。 图3 CPU、内存、GPU 填写参数。 通过阅读FastQC命令说明,了解命令。 图4 FastQC命令 填写所需的输入参数。
参数 参数类型 描述 tag String 镜像版本名称 size Long 镜像版本大小 create_time String 镜像版本创建时间 update_time String 镜像版本更新时间 path String 镜像地址 请求示例 查询镜像版本列表 https:/
先连接容器镜像服务,参考步骤1.连接容器镜像服务操作,然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。 # 基础镜像 docker pull swr.
并依据制作bwa-mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示,请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。
制作镜像。 docker build -t centos:v01 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考、《容器镜像服务 编写高效的Dockerfile》。 父主题: 镜像
curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 容器镜像服务支持使用容器引擎1.11.2及以上版本上传镜像。 父主题: 镜像管理
应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。
将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。
父主题: 镜像管理