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图7 NGS流程 单击图标,可设置数据来源,可以指定File或者Directory类型参数。这里我们将NA12878目录下的两个fastq文件分别指定成fastp-file1和fastp-file2。
在数据作业页面,支持通过作业类型、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。 数据作业支持取消、删除、重试操作,三种操作均支持批量操作。 取消:一个数据作业中,单个数据操作执行过程为原子性操作,即要么不执行,要么需要执行过程不能中断。在执行完成后,“取消”操作才能生效。
输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking Summary”流程时,保存格式为.txt。 相对路径:流程运行完成后,会按照流程子任务的名称生成数据文件,相对路径指按照哪个数据路径中的结果文件生成数据库。
在数据作业页面,支持通过作业类型、创建者、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。 数据作业支持取消、删除、重试操作,三种操作均支持批量操作。 取消:一个数据作业中,单个数据操作执行过程为原子性操作,即要么不执行,要么需要执行过程不能中断。在执行完成后,“取消”操作才能生效。
不同类型支持的操作符如下:String支持like(模糊搜索)、equal(精确搜索)、notlike(不包含)、notequal(不等于),Double支持gt(大于)、lt(小于),Long支持gte(大于等于)、lte(小于等于)、gt(大于)、lt(小于)。
单击策略名称前面的箭头,可以查看策略的关联节点列表、执行规则和伸缩历史记录信息。 图6 查看节点执行规则 图7 查看节点伸缩历史 图8 查看关联节点列表 配置缩容策略 缩容策略只支持统一配置,且不会对手动购买的计算资源节点缩容。
每个分段下载任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的down子文件夹下,分段任务执行成功后,对应的断点记录文件会被自动删除;分段任务执行失败或被中断后,下次执行该分段任务时会尝试通过对应的断点记录文件恢复任务。
每个分段复制任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的copy子文件夹下,分段任务执行成功后,对应的断点记录文件会被自动删除;分段任务执行失败或被中断后,下次执行该分段任务时会尝试通过对应的断点记录文件恢复任务。
直接上传模式不会产生断点记录文件,不支持断点续传。支持带容量单位配置,例如,配置1MB代表1048576字节。 --acl -a 否 上传对象时可指定的目标对象的预定义访问策略。
删除单个数据 health rm /src2/test.txt 删除单个文件夹 health rm /src2 -r -f 父主题: 数据管理命令
health upload D:\local\test.txt /src/ --update -r 列举路径中的对象时,需使用/xxx/格式,如示例中的/src/。 列举本地路径中的文件夹对象时,需要使用“路径/文件名”或“路径\文件名”格式。
结果清单文件命名规则:abort_{succeed | failed}_report_时间_TaskId.txt。单个结果清单文件默认情况下最大为30MB且最大可保留的文件个数为1024,可在配置文件中通过recordMaxLogSize和recordBackups分别配置。
数据管理命令 列举对象 显示当前目录 切换路径 文件拷贝 创建子目录 上传数据 清理本地记录的上传文件 下载数据 删除数据 数据导入 创建归档 获取归档数据 删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步
--recursive -r 否 按指定的对象名前缀批量下载,批量下载时必选。 --force -f 否 强制操作,不进行询问提示,批量下载时可选。 --flat -l 否 批量下载时,不包含上一级父对象名前缀,批量下载时可选。
数据管理简介 盘古辅助制药平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、作业执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“复制数据”实现跨项目使用。
设置供应商图标 health edit vendor-config --log /root/demo/logo.png # 执行成功返回结果如下 set vendor logo successfully! 父主题: 系统设置命令
输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
01:/test2/txt # 返回结果如下 create database instance successfully!
OBS桶管理 获取用户OBS桶列表 获取用户OBS桶内对象 文件下载 父主题: 数据管理
资源中心 在资源中心可以查看功能调用套餐包和存储套餐包的使用情况、购买记录以及购买套餐包,也可以绑定CSS资源详细的购买步骤可以参考购买资源,此功能只支持专业版。