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弹出的新建作业页面,填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”,设置“输出路径”、“优先级”、“计算节点标签”、“超时时间”和“加速类型”。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 输出路径:存放输出结果的路径,格式以/开头。例如项目中的output文件夹,输出路径可设置为/output。
作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
数据上传完成后,在流程设计器页面,分别单击应用参数左侧图标,设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。 表1 流程输入、输出和依赖 类别 类型 说明 输入 Fastq 输入基于二代测序得到的原始Fastq文件,支持来源于多个barcode和路径的输入。 依赖 Reference
vcf文件时,文件编码格式使用UTF-8。 为保证查询性能,建议数据库行数小于500万行,若超过该量级,建议拆分数据库。 导入数据文件大小建议小于1GB。 新增的double类型数据,double的取值范围是-2^1024 ~ +2^1024,也即-1.79E+308 ~ +1.79E+308。超出精度返回会保留小数点后16位的精度。
作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
# '内存大小' gpu_type: # 'GPU类型' gpu: # 'GPU数量' output_dir:
参数说明 参数 简写 是否必选 说明 task-id 不涉及 否 任务id,如果不传,那么获取的是任务列表。 --type -t 否 查询类型。 默认detail。 取值:logs、detail 。 logs:获取task日志。 detail:获取task详情,用于获取task列表。
作业设置完成后,会显示流程中的各个应用信息,再此可以指定实际的运行参数。 图7 NGS流程 单击图标,可设置数据来源,可以指定File或者Directory类型参数。这里我们将NA12878目录下的两个fastq文件分别指定成fastp-file1和fastp-file2。 图8 设置fastp输入数据
数据作业”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面,支持通过作业类型、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。 数据作业支持取消、删除、重试操作,三种操作均支持批量操作。 取消:一个数据作业中,单个数据操作执行
参数 简写 是否必选 说明 src 无 是 被同步的目录或文件。 destdir 无 是 目的目录或者文件。 --type -H 是 增量同步类型:copy/download/upload。 --crr -c 否 复制时使用客户端跨区域复制模式,从通过数据流的方式从源桶直接复制数据到
用户权限介绍 表1 用户权限说明 用户类别 权限 最终租户 创建用户、导入用户、删除用户、编辑角色、邮箱和手机号、重置密码、移除用户。 系统管理员 创建用户、导入用户、删除用户、编辑角色、移除用户。 非系统管理员 无相关编辑权限。 父主题: 用户管理
进入“专题”页签,单击“新建研究”。 填写任务的基本信息,包括选择任务所属项目,研究的名称和描述。 图1 基本信息 选择配体分子和受体蛋白。 作业名称:自定义名称。 类型:选择小分子化合物。 流程:选择从资产市场中订阅的“Docking Summary”流程。 配体分子:配体分子文件,支持SMILES、3D
在“消息中心”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“作业 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面,支持通过作业类型、创建者、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。 数据作业支持取消、删除、重试操作,三种操作均支持批量操作。 取消:一个数据作业中,单个数据
--query -q 否 查询条件,格式为{column}::{operator}::{number}。`::`分割一个表达式中的列名、操作符和值。不同类型支持的操作符如下:String支持like(模糊搜索)、equal(精确搜索)、notlike(不包含)、notequal(不等于),Do
是否必选 说明 ID 不涉及 否 job id,不指定job-id时,列出当前project的全部job的基本信息。 --type -t 否 查询类型,默认detail。此参数用于获取作业列表。 取值:logs、detail、reports 。 logs:获取job日志。 detail:获取job详情。
进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。 对接引擎类型:DSDP、AutoDock Vina 图2 靶点设置 图3 Target1设置 图4 Target2设置 图5 靶点设置完成 单击“下一步”,进入参数设置页面。
SR-ATAD5: ATPase family AAA domain-containing protein 5,三磷酸腺苷酶家族蛋白5。ATAD5会随着各种类型的DNA损伤而在蛋白质水平上增长。0为ATAD5无活性,1为ATAD5有活性,数值在0~1之间。 结果解释:预测值的范围在0~1之间。 SR-HSE: