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修改流程 使用edit或update命令修改流程的内容,流程的名称和版本不支持修改。 命令结构 health edit workflow ID [flags] # edit和update作用相同 health update workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数
受体信息解析 功能介绍 受体信息解析,如果有多个受体蛋白则只处理第一个,如果一个受体蛋白里结合了多个配体,则最多只处理前10个。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/info
示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64.zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64.tar、health-linux-aarch64
ct时,默认为当前项目。 --yaml和--workflow命令不能同时存在。 --description -d 否 作业的详细描述信息。 --input -i 否 输入参数名称,该参数与流程中的输入参数对应,通过修改--input,修改输入数据。 选择时,input和input-file二选一。
命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用health get app -s命令获取模板,详细的模板介绍和使用请参见获取应用模板。 使用health get app命令查询指定应用信息。 health
否 Integer 限制量,单次查询总量,必须由数字组成,默认为100,取值范围[1,1000] 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 offset 否 Integer 偏移量,查询起始偏移,必须由数字组成,默认为0,取值范围[0,100000000] 最小值:0 最大值:100000000
形化工具,详细介绍请参见流程设计器。新建流程时,自动保存默认打开。 图1 新建流程 填写流程参数信息,填写完成后单击“确定”。 填写流程基本参数,包括“流程名称”、“版本”、“标签”、“短描述”和“描述”。 “流程名称”和“版本”为必填项,其他参数可选填。 图2 流程参数 填写“超时时间”、“输出路径”。
String 排序规则 目前默认时间降序,支持根据create_time|update_time。 sort_dir 否 String 排序规则 目前默认时间降序。 缺省值:desc limit 否 Integer 限制量,单次查询总量,必须由数字组成,默认为100,取值范围[1,1000]。
项 对于dag, timeline, report,,trace配置,医疗智能体(EIHealth)平台会默认开启并且指定相关路径,会覆盖用户侧配置,可以在作业详情页面查询和下载相关信息。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing
该参数用于获取任务实例事件列表。不带该参数,默认输出任务实例详情(默认json格式)。 --file-path -p 否 获取任务实例详情时,设置任务实例详情下载路径。 --yaml -y 否 获取任务实例详情时,以yaml格式输出任务实例详情(默认json格式)。 --project 无
设置作业配置 功能介绍 设置作业配置,目前支持修改作业保存条数(1万条-1000万条),默认设置为500万条; URI PUT /v1/{project_id}/system/job-config 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
设置名称匹配模式(include、exclude)和时间匹配模式(timeRange)对对象名以“/”结尾的对象也生效。 --o -o 否 生成结果清单文件的文件夹,命令执行完成后,会在该文件夹下生成结果清单文件(可能包含成功结果、失败结果和警告结果三个文件),默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹
否 Integer 限制量,单次查询总量,必须由数字组成,默认为100,取值范围[1,1000]。 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 offset 否 Integer 偏移量,查询起始偏移,必须由数字组成,默认为0,取值范围[0,100000000]。 最小值:0 最大值:100000000
否 查询类型,默认detail。此参数用于获取作业列表。 取值:logs、detail、reports 。 logs:获取job日志。 detail:获取job详情。 reports:获取job报告 。 --sortDir -d 否 排序规则,按创建时间排序,默认DESC。此参数用于获取作业列表。
如果输出参数为Directory、File类型,默认值必须以/开头,且不能以/结尾,开头的'/'代表本项目的桶路径。 如果输出参数为String,默认值最大长度不超过256,仅支持字母、数字、中划线、下划线、小数点和斜线。 如果输出参数为Enum类型,需填写有效值,并在有效值中选择默认值。 单击“立即创建”,创建应用。
否 Integer 限制量,单次查询总量,必须由数字组成,默认为100,取值范围[1,1000] 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 offset 否 Integer 偏移量,查询起始偏移,必须由数字组成,默认为0,取值范围[0,100000000] 最小值:0 最大值:100000000
最大长度:63 description 否 String 作业的描述,取值范围:输入字符最大长度为255 最小长度:0 最大长度:255 labels 否 Array of strings 作业标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。
-s 否 获取作业模板,模板为yaml格式。 --limit -l 否 代表当次请求获取的最大查询条数(默认为10)。 --offset -o 否 偏移量,从第几条数据开始查询,默认为0。 --event -e 否 获取作业事件或者作业某一task事件,单独使用表示获取作业事件;与-
单击“流程文件”后面的“添加”,添加流程文件。 如果流程文件上传的是zip包,则可以选择添加“主文件”。主文件必须为.nf,为压缩文件夹中的文件完整路径。例如:main.nf。若不填写,默认为main.nf。 支持上传的文件格式为nf、 zip,大小不能超过10M。zip包文件个数规格为1024个,单个文件解压后限制,不超过10M。
否 Integer 限制量,单次查询总量,必须由数字组成,默认为100,取值范围[1,1000] 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 offset 否 Integer 偏移量,查询起始偏移,必须由数字组成,默认为0,取值范围[0,100000000] 最小值:0 最大值:100000000