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mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示，请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。 图1 NGS流程镜像 使用命令行工具，使用health switch project <project-name>命令进入待操作的项目。
增量同步 使用sync命令让本地源路径下的所有内容和OBS指定目标对象进行数据同步，使两边内容保持一致。 增量：依次比较源文件和目标对象，只上传存在变化的源文件。 同步：命令执行完成后，保证本地源路径是OBS指定目标桶的子集，即本地源路径下的所有文件均能在OBS指定目标桶中找到对应对象。
并在该配置文件基础上进行修改，得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台完成NGS流程的搭建，并执行成功，然后在“分析作业”页面导出作业信息.yaml文件。 方式二 使用命令行工具完成NGS流程的搭建，进而获取
位点的“+”添加。最多可添加50个生长位点。 单击下一步，配置其余参数 分子量：自适应和手动输入。自适应模式下平台根据药物分子的分子量分布进行分子设计。手动输入模式下平台会将用户输入的分子量作为强约束对分子设计过程进行限制，不合适的分子量范围可能会导致没有结果输出。 选择属性模型
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 流程”页签，单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节，设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面，填写作业信息。 基本信息：包含作业名称、标签、描述。 输出路径：存放输出结果的路径，格
修改流程 使用edit或update命令修改流程的内容，流程的名称和版本不支持修改。 命令结构 health edit workflow ID [flags] # edit和update作用相同 health update workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数
修改应用 使用edit或update命令修改应用的内容，应用的名称和版本不支持修改。 命令结构 health edit app ID [flags] # edit和update作用相同 health update app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选
创建应用 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 应用”页签，单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据，如果需要批量执行NGS分析，可以选取以下任意一种方式进行批量执行： 方式一
参数说明 参数 简写 是否必选 说明 srcdir 无 是 源路径，支持本项目和其他项目的路径。 当源路径为其他项目时，与EIHealth平台数据导入功能对应，即拷贝其他项目文件至本项目。 destdir 无 是 目的路径，只支持本项目路径。 --rename -e 否 重命名，复制文件时该参数可选。
导出作业 使用export命令导出作业信息。 导出的作业信息会以zip文件格式保存到当前目录，zip文件中包含以下两个文件： jobDetails.zip：保存job的yaml文件 jobInfo.csv：保存job信息 命令结构 # 使用job-id导出作业 health export
返回结果 请求发送以后，您会收到响应，包含：状态码、响应消息头和响应消息体。 状态码 状态码是一组从1xx到5xx的数字代码，状态码表示了请求响应的状态，完整的状态码列表请参见状态码。 对于获取用户Token接口，如果调用后返回状态码为“201”，则表示请求成功。 响应消息头 对
获取数据库模板 使用get命令获取数据库模板列表、详情或者示例yaml文件。 命令结构 health get database template <template-id> [flags] 或者 health get db template <template-id> [flags]
查询应用 使用get命令查询应用的详细信息，该命令同时可用于获取应用模板。 命令结构 health get app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时，列出当前所在项目的所有应用信息。 指定app-id或app-name:
查询流程 使用get命令查询流程的详细信息，该命令同时可以用于获取流程模板。 命令结构 health get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时，列出当前所在项目的所有流程信息。 指定workflow-i
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