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使用create workflow命令引用本地的配置文件,创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。 --description
数据库简介 EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板
使用create app命令引用本地的配置文件,创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description -d
项目管理 收藏管理 镜像管理 标签页面管理 项目审计管理 虚拟药物筛选 父主题: API(医疗智能体平台)
制到其他的分析任务中。 配置命令行工具 批量执行分析需要通过命令行工具完成。请参考配置命令行工具章节,下载命令行工具并完成配置。 获取NGS作业配置文件 编写NGS作业配置文件有两种方式,建议您使用第一种,通过获取已经执行成功的NGS配置文件,并在该配置文件基础上进行修改,得到可
场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook 在创建Notebook时,如果“存储配置”选择的是“OBS”。Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作,即Notebook中的数据和OBS中的数
描述:参数描述,此参数为非必填项。 操作:可以单击操作列“删除”,删除对应的参数。 图2 配置流程参数 参数配置完成后,单击“保存”。 流程创建成功后,单击“保存并启动作业”,或者在流程管理页面,单击流程列表操作列的“启动作业”进入作业设置页面,配置作业的相关信息,具体可参考新建作业。 父主题: Nextflow
com/eihealth/admet:2.0.0' } 暂不支持用户设置部分Nextflow配置项 对于dag, timeline, report,,trace配置,医疗智能体(EIHealth)平台会默认开启并且指定相关路径,会覆盖用户侧配置,可以在作业详情页面查询和下载相关信息。相关信息可参考https://www
式(此时Cell中有光标,可以进行代码编写)。在命令模式下,按下“Enter”键或者鼠标单击代码框可以进入编辑模式。在编辑模式下,按下“ESC”键或者鼠标单击代码框左侧区域即可进入命令模式。 删除文件或文件夹 如果需要在Notebook中删除文件或文件夹,您可以在“Files”列
登录盘古辅助制药平台。 单击“进入平台”,进入药物平台操作页面。 单击“功能模块 > 苗头化合物发现 > 分子对接模块”,进入分子对接配置页面。 根据分子对接章节完成参数配置。 分子对接任务完成后,单击“作业中心 > 作业名称”,进入作业在输出结果页面查看。 图1 查看分子对接结果 在输出结果
基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维 使用该Notebook时需要运行相应的代码模块,运行步骤如下所示。 环境配置:加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。 读取配置文件:通过json文件配置输入和输出路径。 模型训练:针对提供的数据和模型参数,AutoGenome会搜索得到最优的神经网
failed}_report_时间_TaskId.txt。单个结果清单文件默认情况下最大为30MB且最大可保留的文件个数为1024,可在配置文件中通过recordMaxLogSize和recordBackups分别配置。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。 --k -k 否 指定用户的SK。
应用管理命令 应用配置文件说明 创建应用 修改应用 查询应用 删除应用 导入应用
程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu_type String gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu_type 否 String gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
EIHealth作业管理命令 作业配置文件说明 启动作业 查询作业详情 删除指定作业 重试作业 取消作业 导出作业 获取任务实例
创建项目 您可以创建一个新的项目。 在平台左上角单击项目名称,选择“创建新项目”。 图1 创建新项目 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称。取值范围3~45个字符,包含数字、小写字母、下划线、中划线,且只能以小写字母数字开头结尾。 项目创建成功后,不支持修改名称。
EIHealth流程管理命令 流程配置文件说明 创建流程 修改流程 查询流程 删除流程 导入流程
和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu_type 否 String gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用