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获取作业日志 功能介绍 获取作业日志 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/logs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
取消或强制停止作业调度 功能介绍 取消或强制作业调度 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/terminate 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
删除自动作业模板 功能介绍 删除自动作业模板 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs/{auto_job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
获取流程列表 功能介绍 获取流程列表 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String
平台节点最大规格 app_infos Array of AppFilterDto objects 筛选后的app集合 job_info JobFilterDto object 筛选后的job 表4 AppFilterDto 参数 参数类型 描述 app_id String 应用id app_name
获取子任务实例信息 功能介绍 获取子任务实例信息 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/tasks/{task_name}/instances 表1 路径参数 参数
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
统计全局流程、作业信息 功能介绍 统计全局流程、作业信息 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/workflow-statistics 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
Array of AppFilterDto objects 筛选后的app集合 job_info JobFilterDto object 筛选后的job 表9 AppFilterDto 参数 参数类型 描述 app_id String 应用id app_name String 应用名称 app_version
偶现“异常应用”,并日志报错input/output error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。 解决方案 更改分析存储介质,例如使用更高性能的IO加速方案(SFS Turbo、EVS),如使用SFS
String cpu申请使用量,取值范围[0.1-128],单位C,支持一位小数。对于应用,不填默认1C;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 cpu_type 否 String cpu架构类型,不填默认X86
单击“立即创建”,完成fastqc应用的创建。 创建完成后的应用,将显示在应用列表中,您可以使用该应用创建分析作业。 图5 查看应用 步骤4:搭建流程、运行作业 进入“工具 > 流程”页面,点击“新建流程”进行新建流程,填写好流程名称,流程版本等信息。 图6 新建流程 将fastqc应用拖拽至画布中,并添加输入参数,操作方法请参见方式2。
获取子任务中实例的pod信息 功能介绍 获取子任务中实例的pod信息 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/tasks/{task_name}/instance
获取子任务中实例的事件 功能介绍 获取子任务中实例的事件 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/tasks/{task_name}/instances/{instance_name}/events
获取子任务中实例的资源监控数据 功能介绍 获取子任务中实例的资源监控数据 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/tasks/{task_name}/instan
获取性能加速资源上统计信息 功能介绍 获取性能加速资源上统计信息 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/performance-resources-statistics 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
kduplicates、gatk-bqsr、gatk-applybqsr、gatk-haplotypecaller、gatk-mergevcfs和discvrseq-variantqc应用构成。在创建应用前,请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。
作业依赖的组件名称 tool_version String 作业依赖的组件版本 tool_type String 作业依赖的组件类型,取值范围app|workflow 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 OK { "auto_jobs" : [ { "id" : "b
添加分类标签 为了方便分类查看创建的应用和流程,您可以使用分类标签功能,筛选呈现带有相同标签的应用或流程。 在“工具”页面左侧,单击图标新建分类标签。 在添加分类标签弹窗中,输入“名称”,勾选需要呈现的标签名称。最多可以勾选5个标签。 图1 添加分类标签 勾选完成后单击“确定”。
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2 下载小分子构想数据