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探针半径:控制产生的离散点到表面原子的距离。默认值为1.4 ,输入范围: 1.4-5,单位:Å。 名称:可修改,修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符;仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格;首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。
--cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹,默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。 每个分段复制任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的copy子文件夹下,分段任务执行成功后,对应的断点记录文件会被自动删除;分段任务执行失败或
径。 优先级:运行优先级,分为0~9级,优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。 如果当前投递的IO加速的作业,超过sfs总的作业配额数, 那么超出部分的作业会按照投递时间顺序,从最新投递的向前执行,不会按照优先级进行运行。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。
项目”药物筛选结果。可参考视频介绍了解详细的使用指导。 在图2中,页面最右侧显示结合能的最大值和最小值,以及对应的列名称、行名称。 单击列名称或行名称,在弹窗中单击图标,可以对结合能数据进行排序。 单击图标,在弹窗中可以自定义选择要显示的列。 图1 神农项目 图2 药物筛选结果 父主题:
盘古药物分子大模型是基于华为与中科院上海药物所共同研发、专门面向药物研发领域推出的预训练大模型,旨在帮助医药公司开启AI辅助药物研发的新模式。盘古药物分子大模型学习了17亿个药物分子的化学结构,模型参数上亿,是目前最大的小分子药物模型。华为盘古药物分子大模型在分子生成、属性预测、生物活性预
盘古药物分子大模型是基于华为与中科院上海药物所共同研发、专门面向药物研发领域推出的预训练大模型,旨在帮助医药公司开启AI辅助药物研发的新模式。盘古药物分子大模型学习了17亿个药物分子的化学结构,模型参数上亿,是目前最大的小分子药物模型。华为盘古药物分子大模型在分子生成、属性预测、生物活性预
工具管理简介 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”
计算资源说明 每个作业的运行依托的是后面的计算资源,所以需要管理员账号(主账号)提前购买计算资源。 若平台无计算资源,则投递的作业会出现等待情况,直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称,会出现账号的相关操作,包括系统资源,系统配置等。注意这里只有管理员
径。 优先级:运行优先级,分为0~9级,优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。 如果当前投递的IO加速的作业,超过sfs总的作业配额数, 那么超出部分的作业会按照投递时间顺序,从最新投递的向前执行,不会按照优先级进行运行。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。
QED:代表分子的成药性。 图4 查看运行结果(1) 图5 查看运行结果(2) 图6 查看运行结果(3) 图7 查看分子详情 图8 查看作业信息 聚类分析 目前靶点口袋分子设计返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一
查看作业信息 点击作业的“作业信息”页面可以查看作业的运行时间和配置参数。 图14 查看作业信息 聚类分析 目前分子对接返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的 辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚
1个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取靶点蛋白的3D结构。对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,同时从21个蛋白的角度,综合、无偏的评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。 父主题: EIHealth平台
业在该计算节点上运行。用户也可以自定义标签,创建应用时,通过设置标签指定应用运行在具有相同标签的计算节点上,实现运行作业按标签进行调度。 调度设置:设置为“不可调度”后,作业将无法运行到此计算节点。 图4 标签管理 计算资源节点自动扩缩容 为了满足客户业务对节点的需求,医疗智能体
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
提交成功后,可以在“作业中心”查看执行结果。 查看多对多运行结果。 如果是多受体对多配体,打开作业结果页面可以看到结合能二维矩阵,支持分别按照靶点和小分子进行排序。 图4 查看结果(1) 查看一对多运行结果。 单击受体结合能框,跳转到单受体对多配体的结果表页面,可以下载全量及单条CPI预测结果。
对于由多个应用构成的分析作业,通过颜色方便地区分应用的执行状态。 绿色:运行成功。 红色:运行失败。 蓝色:等待运行。 灰色:被取消运行。 蓝色圆圈:运行中。 作业运行的时间,可以通过“概述”列的进度条进行查看。进度条中的颜色与应用状态颜色对应。单击进度条中的颜色块,可以展开并查
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
Similarity:代表优化后的分子与原始分子的相似度。 QED:代表分子的成药性。 SaScore:代表合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。 图13 查看结果(2) 单击“查看3D”,可以看到分子的3D构象,如果设置了靶点,还可以看到优化后的小分子与靶点的结合构象。 如果上传了双靶
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
log提示其它因脚本语法的问题,请根据报错信息进行修改,若无法解决请提交工单或联系服务技术支持。 作业状态已为完成态,task仍在运行中 问题现象 作业的状态已为完成态(失败、成功、取消),但是仍有部分task处于运行中。 解决方案 无需特殊处理,以作业状态为准,查看异常的task日志。 重试作业或者删除作业出现内部异常