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导入应用”的方法，导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。
写出生信代码 图3 自动执行完成 可以在jupyter的文件系统中看到运行结果，也可以在基因平台项目的数据页面查看文件结果： 图4 jupyter中查看运行结果 图5 基因平台查看运行结果 在基因平台项目中查看自动投递的作业。 图6 查看自动投递的作业 父主题： genomeagent镜像
EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时，除了自定义数据库外，支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时，数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架，可通过数据库模板灵活的定义数据结构，描述数
运行作业 方式1：使用预置的NGS流程 方式2：使用预置应用搭建NGS流程 方式3：自定义镜像运行FastQC流程
场景1：作业投递后处于运行中，运行过程正常，但是最后超时失败。 场景2：作业投递后处于运行中，但是无日志打印，也没有任何符合预期的输出文件生成。 场景3：作业投递后显示运行成功，但是根据日志分析作业有报错，也未能正确输出相关信息。 场景4：参数配置的不合理导致的作业执行失败。 场景
说明 GET 请求服务器返回指定资源. PUT 请求服务器更新指定资源。 POST 请求服务器新增资源或执行特殊操作。 DELETE 请求服务器删除指定资源，如删除对象等。 HEAD 请求服务器资源头部。 PATCH 请求服务器更新资源的部分内容。当资源不存在的时候，PATCH可能会去创建一个新的资源。
径。 优先级：运行优先级，分为0~9级，优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。 如果当前投递的IO加速的作业，超过sfs总的作业配额数， 那么超出部分的作业会按照投递时间顺序，从最新投递的向前执行，不会按照优先级进行运行。 计算节点标签：作业会调度到含有相应标签的计算节点上。
并设置是否“清空作业状态更新列”，状态更新列的值为空的数据才会投递作业。 选择“新建一列”，需要输入新建的列名。 图2 设置作业基本信息 定义触发器。使用触发器来筛选需要运行作业的数据，并且满足状态更新列的值为空的数据才会被投递作业。 单击“添加条件”，在数据列名、判断模式、值中定义投递作业的触发条件。数据列
hon运行文件编写。 3 工具栏 工具栏罗列了支持的常用快捷操作，从左到右分别为：保存文件、添加新Cell、剪切选中的Cell、复制选中的Cell、粘贴选中的Cell、将选中Cell上移、将选中Cell下移、运行选中的Cell、终止kernel、重启kernel、重启kernel并重新运行所有Cell。
MD引擎：仅支持GROMACS。 时间步长：MD模拟的时间步长，范围支持0<时间步长≤5fs，默认是2fs。 温度：MD模拟的温度，范围支持0<温度≤1000K，默认是300K。 配置MD的计算步骤 Energy Minimization：能量最小化的步数，范围支持0<步数≤50000，默认是10000步。
任务。 对于“运行中”的任务，单击图标，允许取消、强制停止或删除。 对于“已取消”、“运行失败”的任务，单击图标，允许修改任务参数，再次提交任务。 图5 运行状态 查看执行结果 药物和蛋白结合能通过热点图呈现，并统计出结合能的均值和标准差。单击热点图，可查看详细的3D分子对接结果、结合能排序、药物注释信息。
对于“运行中”的任务，允许取消、强制停止或删除。 图6 运行状态 查看执行结果 药物和蛋白结合能通过热点图呈现，并统计出结合能的均值和标准差。单击热点图，可查看详细的3D分子对接结果、结合能排序、药物注释信息。 同时，基于预置的数据库模板，生成包含药物名称、结合能等信息的数据库。
运行大规模虚拟药筛任务 药物数据输入格式说明 订阅Docking Summary流程 新建研究 查看药筛结果 查看药筛作业和结果下载
径。 优先级：运行优先级，分为0~9级，优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。 如果当前投递的IO加速的作业，超过sfs总的作业配额数， 那么超出部分的作业会按照投递时间顺序，从最新投递的向前执行，不会按照优先级进行运行。 计算节点标签：作业会调度到含有相应标签的计算节点上。
流程说明 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成，应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义，包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
镜像管理简介 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管
探针半径：控制产生的离散点到表面原子的距离。默认值为1.4 ，输入范围: 1.4-5，单位：Å。 名称：可修改，修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符；仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格；首位只能以数字或字母开头。 标签：设置任务标签。 功能调用消耗：运行一次功能会消耗一次。
新建研究 参考表1，设置运行信息。 表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好，并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默
作业列表 步骤4：查看作业运行状态、获取作业结果 在作业列表中，单击对应的作业名称，可查看作业运行状态，运行时间等信息。 图13 作业运行状态 单击具体的每个应用，可以查看每个应用的运行信息：输入输出，节点参数，应用以及日志等信息。 单击具体的输出参数便可跳转到具体的文件位置。 图14 查看应用信息
现对应的操作图标。例如单击会出现，下方图标分别对应的是修改，删除和复制操作。 构建好流程后单击右上角图标保存，然后关闭当前页面。 步骤3：新建作业 单击作业页面的“新建作业”按钮，并选择需要运行的流程。这里作业名称可以用默认的名称，也可自己更改一个名称。同时，若想比较好的方式管理输出文件，也可以自行指定输出路径。
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