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分子搜索 可自定义数据库，以用户输入的参考化合物结构为起点，可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言，它能够很好的管理生信流程，并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用，可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移，并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的程序模型
分子对接 分子对接基于华为云大算力，可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算对接结合能，实现百万级别虚拟筛选。 单击“分子对接”功能卡片，进入分子对接受体预处理页面，单击上传受体文件，进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式，若文件中存在多个受体，默认只处理第一个。受体文件支持上传
欢迎使用盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台是以盘古药物大模型为基础打造的一站式药研平台，助力药物研发效率提升60%+。平台提供靶点发现，苗头化合物发现，先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速，大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。全平台无需软硬件安装调试成本
药物虚拟筛选 计算机辅助药物虚拟筛选是新药早期研发的重要环节，可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算蛋白与药物之间的结合能量，并且依托云端大算力实现超大规模筛选和成药性分析，从成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物，从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚拟筛选以项目成员为粒度进行资源的隔离和访问控制
应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务，快速实现基因组数据分析及AI建模，提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持，让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一，基于基因组分析结果
数据库简介 EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时，除了自定义数据库外，支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时，数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架，可通过数据库模板灵活的定义数据结构
查看药筛结果 药筛运行状态可在“专题”页面查看。 图1 查看运行状态 运行完成后可单击任务名称，查看对接结合能的热图。 热图的横坐标为蛋白质名称，以及对接结合能的均值和标准差。纵坐标为配体小分子名称，数值为结合能的大小，结合能越小，颜色越偏紫色。 可以根据结合能的大小进行排序，结合能越小代表配体和受体结合越稳定
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装，安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式
创建虚拟药物筛选任务 创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台，在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题
自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE，产生自动化FEP工作流，端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片，进入上传文件页面。 在上传页面右侧，选择上传受体，上传配体，选择中心配体。 上传受体：受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体：配体仅支持
相关参数 物化性质（Physicochemical Property） Molecular Weight (MW)： 分子量大小，包含氢原子，最佳分子量在100~600之间。 Molecular Refractivity (MR)： 总极化率，取决于分子的温度、折射率和压力。 Volume
查看执行结果 作业运行完成后，可以在“作业中心”页面，单击作业名称，查看输出结果和作业信息。 输出结果 当作业执行成功后，可以在作业中心页面，单击作业名称，查看输出结果。 在输出结果中可以查看下载某个任务或者全部任务的信息，可以在操作列查看3D、合成路径等信息。 图1 输出结果-列表视图
API概览 医疗智能体平台所提供的API，均符合RESTful API设计规范，如表1所示。 临床研究和药物设计所提供的API，均符合RESTful API设计规范，如表2所示。 表1 医疗智能体平台API 类型 API 说明 项目管理 项目管理 项目创建、获取项目详情、删除项目等相关操作
发布数据 您可以将数据发布到资产市场，供其他项目订阅和使用。 发布资产前，需要先设置商标。详细可参考商标设置。 单击项目名称，进入项目管理页面，选择“数据”页签。 选择需要发布的数据或者文件夹，单击“操作”列的“更多>发布”。 图1 发布数据 在发布页面，填写发布数据的相关信息。
发布镜像 您可以将创建的镜像发布到资产市场，供其他项目订阅和使用。 发布资产前，需要先设置商标。详细可参考商标设置。 单击项目名称，进入项目管理页面，选择“镜像”页签。 单击需要发布的镜像名称，进入镜像详情页面。 单击“操作”列的“发布”。 图1 发布镜像 在发布页面，填写发布镜像的相关信息
创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时，可以不选择导入的数据文件，建立空的数据库，后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库，在导入数据，需要参照数据库模板格式进行导入
管理作业 作业状态 运行中：作业创建成功，执行中。可单击作业名称，进入详情页查看运行详情。“运行中”的作业允许取消、克隆。 失败：作业运行失败。可单击作业名称，进入详情页查看运行失败原因。失败的作业允许重试、删除、克隆。 成功：作业运行成功。可单击作业名称，进入详情页查看运行详情。
查询分子生成作业详情 功能介绍 查询分子生成作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/generation/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型
查询分子优化作业详情 功能介绍 查询分子优化作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/optimization/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选
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