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强制操作，不进行询问提示。 批量移动时该参数可选。 --jobs -j 否 批量移动时的最大并发数，默认为配置文件中的defaultJobs。**说明：**工具会保证该值至少为1。 批量移动时该参数可选。 --exclude -x 否 不包含源对象的匹配模式，如：*.txt。批量移动时该参数可选。
、Kernel、Help等丰富功能。详细说明建议参考Jupyter Notebook使用文档，下方工具栏提供了常用的功能，能够满足常见的Python运行文件编写。 3 工具栏 工具栏罗列了支持的常用快捷操作，从左到右分别为：保存文件、添加新Cell、剪切选中的Cell、复制选中的
步。 表1 上传数据方法 上传方法 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据，支持上传最大为1GB的单个文件。 使用命令行工具上传 命令行工具（eihealth-toolkit）配套EIHealth平台，提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用，支持上传最大为48.8TB的单个文件。
记录文件恢复任务。 --jobs -j 否 同步上传文件夹时批量任务的最大并发数，默认为配置文件中的defaultJobs。**说明：**工具会保证该值至少为1。 同步文件夹时该参数可选。 --exclude -x 否 不包含文件的匹配模式，如：*.txt。 支持“*”匹配多个任意字符和“
功能模块 靶点发现 苗头化合物发现 先导化合物优化 通用工具 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
数据管理 数据管理简介 添加数据 发布数据 数据管理常用操作 归档数据 数据控制与数据审计 命令行工具概述 父主题： 用户指南（基因平台）
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
用户指南（基因平台） 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境（Notebook） 大规模药物虚拟筛选
创建notebook 使用create命令创建notebook。 命令结构 health create notebook <notebook-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-name 无 是 notebook名称。 取值范围[1
启动notebook 使用start命令启动notebook。 命令结构 health start notebook <notebook-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 --project
停止notebook 使用stop命令停止notebook。 命令结构 health stop notebook <notebook-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 命令示例 本节以Wi
删除notebook 使用delete命令删除notebook。 命令结构 health delete notebook <notebook-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 --project
编辑notebook 使用update或edit命令更新notebook描述信息。 命令结构 health update notebook <notebook-id> [flags] 或者 health edit notebook <notebook-id> [flags] 表1
定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理 数据管理常用操作 命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业 1. 制作镜像 2. 创建应用 3. 搭建流程 4
--help可以替换成任何fastqc的命令，与linux类似。 步骤2：上传镜像至EIHealth平台 配置命令行工具。 若已完成配置，可跳过此步骤。 在命令行工具所在的目录，使用switch命令进入EIHelath平台的项目中。 # 命令结构 health switch project
创建应用 使用create app命令引用本地的配置文件，创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description
上传镜像 通过health docker push命令将镜像上传至EIHealth平台项目中。 命令结构 health docker push <image-name:tag-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 image-name 无 是 镜像名称。
查询镜像 使用health docker images命令查询项目中的镜像。 命令结构 health docker images [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --name -n 否 查询指定镜像名下的所有tag信息，支持模糊查找。 --type -t
导入应用 使用import命令导入应用，当前只支持导入单个应用。 订阅和已导入的应用不支持再被导入到别的项目。 命令结构 health import app <app-name:version:source_project_name> [flags] 或 health import
fastqc 对测序得到的fastq数据进行质控。 trimmomatic 使用trimmomatic工具去掉测序接头，得到去接头后fastq格式的reads。 star 使用STAR比对工具将去接头后的reads比对到参考基因组，得到bam文件和多种格式的统计报告。 使用RNA-Seq流程的详细步骤如下所示：
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