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images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 登录EIHealth平台,在镜像列表中查看已上传的镜像。 步骤4:创建应用 登录EIHealth平台,在“项目管理”页面“工具”页签中,单击“新建应用”。 图2 新建应用 填写应用的基本信息。
st-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。 图3 个人设置 图4 平台ID 父主题: 配置命令行工具
Windows版命令行工具 health.exe config add --domain-name xxx --user-name xxx --password xxx --region cn-north-4 --platform-id xxx Linux、macOS版命令行工具 ./health
Mol Editor工具可以查看小分子的2D结构,以及编辑分子结构。 单击“功能模块 > 通用工具 > MOL Editor”,进入Mol Editor页面即可操作。可以通过单击右上角的“保存”,将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题: 通用工具
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1:获取认证信息 步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:查看与执行操作命令
MOL 3D Viewer Mol 3D Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。单击“功能模块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”,进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括: 本地分子结构的3D可视化,支持多种显示样式,支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。
clear命令 在Notebook中使用命令行工具 在EIHealth开发环境Notebook中使用命令行工具时,请依据以下步骤配置代理。 打开Notebook,并选择Terminal,打开Notebook的命令行界面。 执行以下命令下载命令行工具,并获取配置Notebook代理所需的域名和端口信息。
east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。 图3 平台ID 父主题: 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit
本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。 执行health --help
什么是医疗智能体eihealth-toolkit 医疗智能体命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。
当数据过大,或者数据处于服务器上时,页面传输并不是很方便,所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令,将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
订阅Docking Summary流程 进入资产市场订阅Docking Summary流程。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
Notebook提供了在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码,在创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像。同时,您也可以使用自定义镜像,创建Notebook,满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Notebook(在基础镜像中安装化学分子格式转换工具Open Babel),详细步骤如下所示:
q文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。 例如,使用health switch project
流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。 获取作业模板 使用health get job
使用delete命令删除项目。项目的所有者有权限执行该操作。 为了防止项目误删,执行项目删除命令后工具会提示用户进行二次确认输入要删除的项目,只有二次输入的项目名称和命令中的项目名称一致,命令行工具才会执行删除动作。 命令结构 health delete project <project-name>
件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建应用,创建好的应用将同步显示到EIHealth平台。 获取应用模板 使用health get app
run the notebook again!”时,请单击Notebook工具栏中的按钮,重启Notebook环境,并重新执行出现告警的代码。 您可以在Notebook工作目录中上传数据,使用AutoGenome工具。数据上传下载请参见数据的上传和下载。 对于非挂载目录以外的目录下的文
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter No
上传镜像前,您需要安装容器引擎并完成镜像的制作,详细操作请参考安装容器引擎、制作Docker镜像。如果您已经安装了容器引擎,请跳过该步骤。 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构 health switch project