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标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令，请在本地搭建Docker环境，要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目，需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker
下载镜像 通过health docker pull命令下载项目中的镜像。 命令结构 health docker pull <project-name>/<image-name>:<tag-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name
导入镜像 使用import命令从源项目导入镜像到当前项目。 只支持导入私有镜像，导入镜像和订阅的镜像不支持再次导入到别的项目。 命令结构 health docker import <project-name/image-name:tag-name> [flags] 表1 参数说明
更新镜像 使用update命令更新当前项目中的某个镜像仓库的描述信息或者类型。 命令结构 health docker update <project-name/image-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 否 要
查询应用 使用get命令查询应用的详细信息，该命令同时可用于获取应用模板。 命令结构 health get app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时，列出当前所在项目的所有应用信息。 指定app-id或app-name:
fastqc 对测序得到的fastq数据进行质控。 trimmomatic 使用trimmomatic工具去掉测序接头，得到去接头后fastq格式的reads。 star 使用STAR比对工具将去接头后的reads比对到参考基因组，得到bam文件和多种格式的统计报告。 使用RNA-Seq流程的详细步骤如下所示：
获取项目 使用get命令获取当前用户有权限访问的所有项目列表，以及项目信息，包含项目名称、ID、所有者、项目角色、存储大小、状态、创建时间、更新时间。 在使用该命令前，您需要通过平台创建项目。 命令结构 health get project <project-name> [flags]
文件拷贝 使用cp命令将源路径中的文件拷贝到指定路径。同时，该命令支持拷贝其他项目中的数据。 命令结构 health cp <srcdir> <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 srcdir 无 是 源路径，支持本项目和其他项目的路径。
上传数据 使用upload命令，将本地数据上传到EIHealth平台。该命令不支持将数据上传到引用目录。 最小可以上传0Byte的空文件或文件夹，最大可以上传48.8TB的单个文件。 数据在上传的过程中，受网络影响可能出现损坏，上传命令默认会在上传完成后，验证项目中数据的MD5值
创建归档 使用create命令创建数据归档。 命令结构 health create archive <archive-name> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-name 无 是 归档名称。
修改流程 功能描述 修改指定workflow内容（名称不支持修改）。 命令结构 health nextflow edit workflow ID [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 流程id。 --workflow -w 否 本地work
删除流程 功能描述 删除指定workflow。 命令结构 health nextflow delete workflow ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 模板id 命令示例 health nextflow delete workflow 550
获取notebook信息 使用get命令获取notebook列表、详情。 命令结构 health get notebook <notebook-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 否 notebook id，不填写时表示
切换路径 使用cd命令在EIHealth项目中切换数据路径。 命令结构 health cd <path> 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 当前目录，不进行跳转。 health cd
创建流程 使用create workflow命令引用本地的配置文件，创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。
创建项目 使用create或submit命令创建项目，并可设置项目级数据权限策略。 命令结构 health create project <project-name> [flags] 或 health submit project <project-name> [flags] 表1
删除归档 使用delete命令删除归档数据。 命令结构 health delete archive <archive-id> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-id 无 是 归档id。 --project
删除镜像标签 使用rmi命令删除当前项目中指定镜像标签。 对于本项目的私有镜像tag会做彻底删除，即删除数据库记录及远程仓库中的镜像tag。 对于其他项目的导入镜像tag或者资产市场订阅的镜像tag仅删除导入或者订阅关系，即只删除数据库记录。 命令结构 health docker
删除系统标签 删除或批量删除系统标签库。 命令结构 health delete label [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 list -l 否 删除的标签id列表，json数组格式。 命令示例 health delete label -l "[\"1001\"
创建流程 功能描述 通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径，可以是zip或nf文件。
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