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url获取方法 在Notebook列表页面,按F12键打开,切换至Network页签。 单击页面右侧按钮,在Network页签的“Name”列单击“notebooks?offset=0&limit=10”,右侧展开代码行,在“url”行获取url链接,如下图所示。 图1 获取url
在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow-1.8”。 在新建的Not
of strings 数据文件列名。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:2 - 12 shareable 否 Boolean 是否打开组织共享。 缺省值:false 表4 DatabaseFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 数据库文件来源。
选择状态为“运行中”的Notebook实例,单击“操作”列的“打开”访问Notebook。 单击右上角的“Open JupyterLab”,可直接打开此Notebook实例对应的JupyterLab页面。 图1 进入JupyterLab 进入JupyterLab页面后,自动打开Launcher页面,如下图所示
最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 quantity Integer 剩余服务器数 cpu Integer 剩余CPU ram Integer 剩余内存 请求示例 获取节点剩余配额 https://eihealth.cn-north-4
binary numerical file 是 ModelFile object 模型数据来源。 shareable 否 Boolean 是否打开组织共享。 缺省值:false base_model_id 否 String 基模型id。 缺省值:pangu-drug-model 最小长度:1
最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 server String 服务器地址 subject_prefix String 展示名 user_name String 用户名 email String 邮箱 language
单击“新建流程”,进入流程设计器页面。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具,详细介绍请参见流程设计器。新建流程时,自动保存默认打开。 图1 新建流程 填写流程参数信息,填写完成后单击“确定”。 填写流程基本参数,包括“流程名称”、“版本”、“标签”、“短描述”和“描述”。
创建Notebook 在开始进行模型开发前,您需要创建Notebook,并打开Notebook进行编码。 在“项目管理 > 开发”页面,单击“创建Notebook”,参考表 参数说明填写信息。 图1 创建Notebook 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名
oken。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 server 是 String 服务器地址 最小长度:1 最大长度:128 subject_prefix 否 String 展示名 最小长度:0 最大长度:128 user_name
EMARK行来解决该问题。 如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Viewer打开,会出现蛋白显示不完整的情况,如下图所示。 此时可将受体文件中的REMARK行进行删除,即可解决该问题。 父主题: 盘古辅助药物
--policy -p 否 设置项目级数据权限策略。 用数字0和1表示关闭和打开,以data-share、data-download、data-delete、data-encrypted的顺序排列,例如全部打开则为1111,全部关闭则为0000, 默认1110。 命令示例 本节以Wi
在Notebook中使用命令行工具 在EIHealth开发环境Notebook中使用命令行工具时,请依据以下步骤配置代理。 打开Notebook,并选择Terminal,打开Notebook的命令行界面。 执行以下命令下载命令行工具,并获取配置Notebook代理所需的域名和端口信息。 示例中下载的版本为Linux
String 内存物理规格描述信息 netcard_detail String 网卡物理规格描述信息 cpu_arch String 裸金属服务器的CPU架构类型 gpu_info String GPU信息 请求示例 查询计算资源规格 /v1/{project_id}/system/
图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一:对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。 例如,存在输
否 设置项目级数据权限策略。只有项目所有者能修改。 用数字0和1表示关闭和打开,以data-share、data-download、data-delete、data-encrypted的顺序排列,例如全部打开则为1111,全部关闭则为0000, 默认1110。 --status -s
notebook-id 无 否 notebook id,不填写时表示获取notebook列表,填写时表示获取notebook详情。 --url -u 否 获取打开notebook的地址。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍
下载Windows版本的客户端,得到health.exe文件,health文件无需安装,放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R,输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘:
作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。 参数填写无误后,单击“立即创建”,创建Notebook。 步骤3:预览AutoGenome案例 打开创建的Notebook。 在Notebook的根目录下的“AutoGenome-Examples”文件夹中,包含使用AutoGenome进行分析的示例,可供参考。
配置输入和依赖数据 NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置数据前,请先参考上传数据,上传原始Fastq文件和依赖数据。 如果在创建应用时打开了“并发”开关,可以设置多个参数值,批量执行作业。 数据上传完成后,在流程设计器页面,分别单击应用参数左侧图标,设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。