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通用工具 MOL 3D Viewer MOL Editor 聚类分析 父主题: 功能模块
参数确认无误后,单击页面上方“启动作业”按钮,可以直接基于该流程创建自动分析作业。 查看作业运行结果 自动作业运行完成后,在自动作业列表中单击数据表名称,跳转至对应的数据表中。在设置的状态更新列中,单击执行结果跳转至对应的分析作业,查看作业运行结果详情。 图7 查看作业运行结果 父主题: 作业管理
查看执行结果 分析作业的执行时间与环境资源类型、环境资源大小、处理数据大小等相关。您可以在“作业”页面查看执行结果或进行操作。提供了作业的执行状态的查看,并可对作业执行取消、删除、重试、克隆、导出操作。勾选多个作业,可以批量取消、批量删除、批量重试、批量导出。 作业执行状态如下所示。
、删除和查询操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如,您可将Cell Ranger软件封装为镜像,并上传至EIHealth平台。通过应用把镜像引入,利用应用搭建分析流程,执行分析作业。 用于创建Notebook Notebook是一
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置邮件配置。 服务器地址:邮箱开通SMTP功能时的服务器地址,不同邮箱开通SMTP方式不同,请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址:填写邮箱地址,用于发送EIHealth平台的消息通知。 用户名:邮箱的用户名,如果未修改过,默认为邮箱地址。
计算机辅助药物虚拟筛选是新药早期研发的重要环节,可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,并且依托云端大算力实现超大规模筛选和成药性分析,从成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物,从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚拟筛选以项目成员为粒度进行资源的隔
估分子的合成难易程度。 聚类分析 目前分子属性预测返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游分析或者优化等。 在输出结果页面
项目删除操作开始执行。 RUNNING 分析作业运行中。 PENDING 分析作业等待处理中。 CANCELLED 取消作业。 对于“JOB_STATUS”类型的消息,可单击图标,跳转至对应的分析作业详情页面。您可以在该页面查看详细的运行信息。 消息通知按照用户权限进行划分,只可以查看有权限访问的项目中的消息通知。
符合要求的处理或采取相应保护措施,当您在复制或者引用数据的时候,需审视是否存在隐私数据,请谨慎操作。 上传数据方式 在开始执行分析作业前,请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同,您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式
单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。 订阅的流程将显示在“项目管理 > 工具”页面的流程列表中。 步骤2:上传待分析数据 您在使用Docking Summary流程前,请先上传待分析的数据,上传数据方法请参见数据管理。 步骤3:创建分析作业 单击项目名称,进入“项目管理”页面,并选择“工具”页签。 单击Docking
selector。该场景表示当前集群中无计算资源满足标签要求,用户可以进入系统资源页面,选择节点,通过标签管理给节点添加标签。 其他场景可以联系服务技术支持解决。 图4 购买计算资源 图5 设置计算节点标签 场景3 作业投递后显示运行成功,但是根据日志分析作业有报错,也未能正确输出相关信息。 排查思
单击“查看"按钮,可以查看相应的结果信息 单击“下游分析”按钮,可以选择对相应结果进行下游任务的配置。 单击“下载”按钮可以下载相应结果。 图3 收藏结果展示 当需要取消分子收藏时,单击已收藏的结果右侧的按钮,弹出取消收藏窗口,单击“确认”,取消对该分子的收藏。 图4 取消分子收藏 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
点击作业的“作业信息”页面可以查看作业的运行时间和配置参数。 图14 查看作业信息 聚类分析 目前分子对接返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的 辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游的分子优化、分子属性预测、合成路径规划等。
查看运行结果(3) 图7 查看分子详情 图8 查看作业信息 聚类分析 目前靶点口袋分子设计返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游的分子优化、合成路径规划等。
集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户的写操作(默认)和读操作(可选),保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分析、合规审计、资源跟踪和问题定位等常见应
作业信息 聚类分析 目前分子优化返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游分析或者优化等。 在输出结果页面左上角单击“聚类分析”后,
存储和查询,审计操作可以设置导出用户的读操作和写操作(默认)和仅写操作(可选),保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分析、合规审计、资源跟踪和问题定位等
EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook的详细操作指导,请参见Jupyter
登录界面 子用户(子管理员、操作员) 登录医疗智能体管理控制台。 选择IAM用户登录,填写账号名、IAM用户名、密码,登录平台。 账号名:与管理员(购买平台的账户)的账号名一致。 IAM用户名、密码:创建子用户时设置的用户名和密码。 图2 IAM用户登录界面 父主题: 用户管理