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单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 包含本项目桶最多挂载6个,不包含本项目桶最多挂载5个。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。 参数填写无误后,单击“立即创建”,创建Notebook。
支持十亿节点、百亿边的超大规模图数据库查询,提供适用于基因和生物网络数据的图深度学习算法。 拥有基于基因组数据自动深度学习的技术框架AutoGenome,深度融合人工智能技术,产生更加便捷、快速、准确、可解释的医疗智能模型,加速医疗大健康行业的研究工作。 成熟的权限管理体系,保障数据安全的同时,确保团队高效协作。
最大搜索路径个数:合成路径规划的路径数量。路径数量增加,将展示更多的合理合成路径;路径数量减少,可能会有部分合理路径未展示。默认值50,取值范围1-50。 最大搜索深度:深度增加,每一个路径可进行搜索的深度限制增加,作业运行时间可能延长;深度减少,部分路径可能在还未搜索完成时被终止。默认值5,取值范围3-12。
功能介绍 测序数据质量的总体评估 评估测序的Reads数目,测序Base数,测序深度等。 低质量Reads过滤 过滤低质量的测序Reads,得到Clean Reads。 基因组比对 将Clean Reads比对到参考基因组上,同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测
产物smiles序列 top_n Integer 期望返回的条目数 max_search_depth Integer 期望搜索的最大深度 max_prediction_per_product Integer 期望每个产物的最多反应数量 result result object 合成路径规划结果字典
最小值:1 最大值:50 max_search_depth 是 Integer 预测路径的最大深度 最小值:3 最大值:12 max_prediction_per_product 是 Integer 每个产物的最大反应数量 最小值:2 最大值:20 响应参数 无 请求示例 创建一个分子合成路径规划任务
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
删除标签 标签删除后不可恢复,请谨慎操作。 在“标签管理”页面,单击操作列的“删除”。 在“删除标签”弹窗中,单击“确定”。 图3 删除标签 批量删除标签 您可以一次选中多个标签,单击页面左上角的删除按钮即可。 图4 批量删除标签 查找标签 在搜索框中输入标签名称关键字,单击按钮进行查找。
基因组数据生成的参考基因拷贝数分布为参考基线,能够自动的完成输入数据的比对排序,以及拷贝数分布计算,并输出可视化图表以供查看。 我的发布 在“资产市场>我的发布”中可以查看该用户所有发布资产的情况。对于发布成功的资产,可以在“组织共享”中查看和订阅。 对于发布成功的资产,可以进行
与其他云服务的关系 统一身份认证服务(IAM) 统一身份认证(Identity and Access Management,简称IAM)是华为云提供权限管理的基础服务,可以帮助您安全地控制华为云服务和资源的访问权限。 医疗智能体使用IAM实现认证功能。 对象存储服务(OBS) 对象存储服务(Object
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
移除项目成员的角色 使用delete命令删除项目成员的角色,并将成员移除项目。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health delete member <member-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 member-name
OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作,即Notebook中的数据和被挂载的OBS路径中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据,会同步到Notebook中,Notebook中的操作也会同步到OBS中,如图
若您本地有需要分析的二代基因组数据,则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。 若没有,可以先订阅资产市场里的示例数据进行分析,这里先用资产市场中的“人类基因组数据”和“NGS小数据集”进行分析。 图3 订阅数据 可以在“数据”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图4 查看订阅的数据 步骤3:启动作业
如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图1 Terminal
清理本地记录的上传文件 上传对象时,支持断点续传功能,本地因此可能会残留上传异常产生的文件,可以使用该命令对异常文件进行清理。 命令结构 health clear [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 upload -u 是 上传文件时,本地生成的断点目录。 命令示例
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一:对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。