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Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言，它能够很好的管理生信流程，并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用，可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移，并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的程序模型，因此不用自
例如：`taskname1:EVS`;`taskname3:SFS` 不写的task默认不带加速类型 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 启动作业时，如果包含不存在的计算节点标签，回显类似下图，请先添加计算节点标签。
创建完成后的应用，将显示在应用列表中，您可以使用该应用创建分析作业。 图5 查看应用 步骤4：搭建流程、运行作业 进入“工具 > 流程”页面，点击“新建流程”进行新建流程，填写好流程名称，流程版本等信息。 图6 新建流程 将fastqc应用拖拽至画布中，并添加输入参数，操作方法请参见方式2。 参数填写完成后，单
制作Docker镜像，有以下两种方法。 快照方式制作镜像（偶尔制作的镜像）：在基础镜像上，比如Ubuntu，先登录镜像系统并安装Docker软件，然后整体制作快照，即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：将软件安装的流程写成DockerFile，使用Docker
登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 流程”页签，单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节，设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面，填写作业信息。 基本信息：包含作业名称、标签、描述。 输出路径：存放输出结果的路径，格式以/开头。例如项目中的output文件夹，输出路径可设置为/output。
-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。配置信息导入后，即可查询命令行工具支持的操作，并执行相关命令，使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。 执行health --help查询支持的操作命令。Linux系统下，需添加
流程统计管理 获取性能加速资源上统计信息 统计应用、流程、作业数目 统计全局流程、作业信息 父主题： 应用管理
Nextflow流程管理 创建流程 获取流程列表 获取流程详情 更新流程 删除流程 父主题： Nextflow接口
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数
作业ID（job-id）。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health delete job f17a3542-3f
作业ID。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health retry job f17a3542-3f7
EIHealth流程管理命令 流程配置文件说明 创建流程 修改流程 查询流程 删除流程 导入流程
Nexflow流程管理命令 创建流程 修改流程 查询流程详情 删除流程
antqc应用构成。在创建应用前，请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 fastp:0.20.1 docker
新建应用 详细的创建应用过程、镜像填写方法、参数填写方法，请参考创建应用样例章节。 单击“新建应用”，进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息，包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。
health get quota [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health get quota # 执行成功返回结果如下 Name
强制操作，不进行询问提示。默认为false。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health cancel job f17a3542-3f
模板id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health delete db template 123345
--skip-lines -s 否 跳过的header行数。不指定参数值时默认为0。 --delimiter -e 否 常用的三种分隔符为（;,\t），也可以根据导入数据的文件格式设定其他分隔符。 --files -f 否 生成实例数据的文件列表，多个文件用分号(;)分隔。 --project
本地模板yaml文件。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health create db template --yaml
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