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创建模型 功能介绍 创建模型。 URI POST /v1/{project_id}/drug-models 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2
CSS集群解绑 功能介绍 CSS集群解绑。 URI DELETE /v1/{project_id}/drug/css-clusters/{css_cluster_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
检查输入文件的路径单级名称长度是否超过255个字符。若单级名称长度未超过255个字符请联系技术支持。 解决方案 单级目录名称长度超过255个字符。 不使用SFS或者EVS加速。 若必须进行IO加速,则更改输入文件的路径为单级目录名称不超过255字符的路径。 若单级名称长度未超过255个字符请联系技术支持。
探针半径:控制产生的离散点到表面原子的距离。默认值为1.4 ,输入范围: 1.4-5,单位:Å。 名称:可修改,修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符;仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格;首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。 单击“提交”。
缺省值:0.15 表7 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
缺省值:false 表7 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
生成分子SVG图 功能介绍 生成分子SVG图。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/svg 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
查询配体文件预览任务 功能介绍 查询配体文件预览任务。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview/{task_id} 表1 路径参数 参数
ADMET属性预测接口 功能介绍 计算小分子的物化性质,包括吸收(adsorption)、分布(distribution)、代谢(metabolism)、清除(excretion)与毒性(toxicity)。 URI POST /v1/{project_id}/admet 表1 路径参数
genomeagent镜像功能点介绍 此章节介绍genomeagent镜像的基本功能。 功能点1:自动生成任务计划、自动生成子步骤代码 功能点2:自动提交EIFlow代码任务 功能点3:报错时自动修正 报错时自动修正 报错时用户介入修正。 功能点4:特定步骤中断(人为or非人为),前序步骤状态继承,重新执行中断步骤
分子优化基于盘古药物分子大模型,以参考化合物为起点,针对给定的期望理化性质,得到性质更优、结构新颖、与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”,进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。
预计结束时间,毫秒。 表6 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一
有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。 输出个数:输出个数越多,任务时间越长。 作业名称:设置作业名称。长度为5~64个字符,仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格,首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据,需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求,将数据上传至项目中。 输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。
创建数据库模板 创建数据库模板 创建数据库前,请先在“数据库 > 模板”页签创建数据库模板,模板中数据库表列的数目为固定,行数可按需设置,不同列之间,可通过列信息进行识别。列信息包含列名、描述、类型、允许为空、是否主键、是否可查询、是否唯一、提示和操作信息。单击添加列可新增一列,
创建分子聚类作业 功能介绍 创建分子聚类作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id}/cluster 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
方式二 使用命令行工具完成NGS流程的搭建,进而获取相应的配置文件。详细的操作请参见命令行工具。 使用switch命令进入NGS流程所在的项目。 例如,使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。 使用health
MOL Editor Mol Editor工具可以查看小分子的2D结构,以及编辑分子结构。 单击“功能模块 > 通用工具 > MOL Editor”,进入Mol Editor页面即可操作。可以通过单击右上角的“保存”,将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题: