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单击“新建应用”,进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息,包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。 填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号扩起,以$符号进行引用。
单击可以按照属性以及相互作用力进行高级筛选。 图6 高级筛选 单击“查看3D”可以看到小分子和靶点的对接构象。 图7 查看3D 单击配体对比,可以计算对接后的构象与输入小分子的RMSD值和输入小分子和靶点的相互作用2D图。 图8 设置配体对 图9 配体对接结果图 单击查看2D相互作用图
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook的详细操作指导,请参见Jupyter
Notebook安装Conda指导 打开Notebook,在“File”页签下选择“Terminal”。 图1 选择Terminal 下载和安装Anaconda。 获取Repository和Anaconda安装包。 Repository: https://repo.anaconda.com/archive/index
指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 通过指定流程的ID或名称和版本删除流程。 health delete workflow 4f712af9-3f51-11eb-868a-fa163e3ddba1
指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 通过指定应用的ID或名称和版本删除应用。 health delete app 550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000
节,可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,并且依托云端大算力实现超大规模筛选和成药性分析,从成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物,从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚拟筛选以项目成员为粒度进行资源的隔离和访问控制,不同成员角
修改项目成员角色 使用update或edit命令修改项目成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health update member <member-name> [flags] 或 health edit member <member-name> [flags]
summary:汇总分子对接结果。 图4 数据路径和流程图 图5 设置数据库 设置完成后,单击“提交”,执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务,允许取消、强制停止或删除。 图6 运行状态 查看执行结果 药物和蛋白结合能通过热点图呈现,并统计出结合能的均值和标准差。单击热点图,可查看详细的3
区,提供镜像、数据、应用和流程的内容共享。提供安全、开放的资产共享和使用,加速基因、药物、临床应用的开发与落地,保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。 订阅资产 资产市场提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。您可以查看各类资产的详细介绍和使用方法,并订阅资产至项目中使用。
添加项目成员角色 使用add命令将用户添加至项目,并赋予成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health add member <member-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 member-name 无 是 用户名称。
移除项目成员的角色 使用delete命令删除项目成员的角色,并将成员移除项目。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health delete member <member-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 member-name
可以在该页面面查看全部、未读和已读的消息。平台首页也会有未读消息提示。 图1 平台首页查看消息通知 图2 查看系统通知 支持标记为已读和批量标记为已读 如果需批量标记已读,可以勾选多个未读的消息,单击“标记已读”。 图3 批量标记已读 支持删除和批量删除 如果删除单个消息,可以单击消息后面的进行删除。
导入应用 使用import命令导入应用,当前只支持导入单个应用。 订阅和已导入的应用不支持再被导入到别的项目。 命令结构 health import app <app-name:version:source_project_name> [flags] 或 health import
导入流程 使用import命令从源项目导入流程到当前项目。 订阅和已导入的流程不支持再被导入到别的项目。 命令结构 health import workflow <workflow-name:version:source_project_name> [flags] 或 health
修改流程 使用edit或update命令修改流程的内容,流程的名称和版本不支持修改。 命令结构 health edit workflow ID [flags] # edit和update作用相同 health update workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数
本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用health get workflow -s命令获取模板,详细的模板介绍和使用请参见获取流程模板。 使用health get workflow命令查询指定的流程信息。
命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用health get job -s命令获取模板,详细的模板介绍和使用请参见获取作业模板。 获取作业详情,以模板方式展示。 health get job
命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用health get app -s命令获取模板,详细的模板介绍和使用请参见获取应用模板。 使用health get app命令查询指定应用信息。 health
如何将Notebook中的数据下载至本地? 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook 在创建Noteb