检测到您已登录华为云国际站账号,为了您更好的体验,建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
示例中下载的版本为Linux ARM 64位。 wget https://eihealth-cli.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/current/health-linux-aarch64.tar 初始化配置时,添加--http-proxy命令,用于配置代理。
如何将生物信息学软件封装为镜像并上传 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后
on运行文件编写。 3 工具栏 工具栏罗列了支持的常用快捷操作,从左到右分别为:保存文件、添加新Cell、剪切选中的Cell、复制选中的Cell、粘贴选中的Cell、将选中Cell上移、将选中Cell下移、运行选中的Cell、终止kernel、重启kernel、重启kernel并重新运行所有Cell。
现中划线、下划线、字母和数字。 标签:选择流程标签,最多可添加5个。 描述:设置流程相关描述。 单击“下一步”,添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”,添加流程文件。 如果流程文件上传的是zip包,则可以选择添加“主文件”。主文件必须为.nf,为压缩文件夹中的文件完整路径。例如:main
调用说明 医疗智能体平台提供了REST(Representational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读
输入分子 单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,如果需要设置靶点,并且将对接结合能作为一个约束条件进行优化,需要进行配置。最多可添加2个靶点。在添加靶点后,会进行单分子预对接,可查看Top1的对接打分与构象。 如果不需要设置靶点,此步骤可以进行省略,如果设置了靶点,作业运行时间会加长。
启动作业时,如果包含不存在的计算节点标签,回显类似下图,请先添加计算节点标签。 计算节点标签添加方法:在平台右上角单击用户名,选择“系统资源 > 计算资源”,在计算节点的操作列单击“更多 > 标签管理”,添加标签。上图示例中需要添加的标签名称为labelsss1。 使用本地已填写好的作业模板job
\ && rm fastqc_v0.11.5.zip \ && chmod +x /FastQC/fastqc # 将FastQC添加到环境变量中 ENV PATH "/FastQC:$PATH" 按键盘Esc键,并执行:wq保存退出Dockerfile。 制作镜像。
创建完成后的应用,将显示在应用列表中,您可以使用该应用创建分析作业。 图5 查看应用 步骤4:搭建流程、运行作业 进入“工具 > 流程”页面,点击“新建流程”进行新建流程,填写好流程名称,流程版本等信息。 图6 新建流程 将fastqc应用拖拽至画布中,并添加输入参数,操作方法请参见方式2。
上传镜像 通过health docker push命令将镜像上传至EIHealth平台项目中。 命令结构 health docker push <image-name:tag-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 image-name 无 是 镜像名称。
在归档过程中请不要对归档的文件或者文件夹进行添加、更改操作,以免造成您的数据损失。 选择归档数据 选择该项目下需要归档的数据。 单击“确认”,进行归档。 归档操作将记录在“归档”页面,您可以在该页面查看归档记录,并进行归档恢复、删除操作。归档恢复时,您可以将数据恢复至本项目或有权限的其他项目。
项目简介 项目是盘古辅助制药平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据和创建作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 您可以创建项目,并向其中上传数据、创建作业。 在“项目列表”中,展示了当前用户有权限访问的项目。 图1 项目列表 查看项目信息 项
运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。
配体二选一。仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件,且只支持3D结构。 标记位点:3D可视化区域选择位点,再单击右侧标记位点的“+”添加。最多可添加50个生长位点。 单击下一步,配置其余参数 分子量:自适应和手动输入。自适应模式下平台根据药物分子的分子量分布进行分子设计。手动输入
文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 响应参数 无 请求示例 将外部文件https://files.rcsb.org/download/1TQN.pdb转为SDF格式。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/drug-common
在“工具”中完成流程创建。 在“数据库”中完成样本集的数据库创建。数据库的每一行对应一个任务,如果满足触发条件,就会在平台自动运行,并在分析任务列表添加一条记录。 创建自动作业 在“作业”页面左侧,单击“自动作业”页签。 在页面左上角单击“新建自动作业”。 设置作业基本信息,包括“名称”、
能用来运行作业,导入数据到数据库等操作。 图3 引用数据 URL导入数据 以URL导入的方式添加数据类似于linux中的wget操作。单击“添加URL”按钮可以添加具体的链接,最多可添加10条链接。 图4 URL导入数据
图1 数据作业 复制数据 在“数据”页面,使用“复制”,将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击“复制”。 图2 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹,以及数据存储路径,单击“确认”,复制数据。 例如,将“test.zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。
cn-north-4.myhuaweicloud.cn HTTPS 华东-上海一 cn-east-3 eihealth.cn-east-3.myhuaweicloud.com eihealth.cn-east-3.myhuaweicloud.cn HTTPS 华南-广州 cn-south-1 eihealth
ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID 项目ID通过调用查询指定条件下的项目信息API获取。 获取项目ID的接口为GET“https://{Endpoint}/v3/projects”,其中{Endpoint}为IAM的终端节点,可以从地区和终端节点获取。 响应示例如