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分子生成基于盘古药物分子大模型,对初始数据集进行采样,多目标、多方向的快速生成新颖且与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“分子生成”功能卡片,进入配置页面。 输入初始数据集,有两种输入方式: 选择文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件; 小分子支持10-10000个。如果
返回相似度后默认全勾选,您可以进行勾选或去除勾选要计算的路径,如果未勾选,则后面就不会对其进行FEP计算。在相似度返回之前,您也可以直接选择配体对进入下一步。 图4 选择计算路径 单击“下一步”,进入FEP设置页面,设置相关参数。 时间步长:默认值:0.002,取值范围:0.001 ≤ dt ≤ 0.005,单位
归档数据 平台支持数据的归档机制,您可以将核心数据进行归档,避免误删造成损失。 在“数据”页面单击“归档”,进入归档数据页面。 图1 选择归档 填写归档的参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 设置归档数据的名称。归档名称长度为1-100。 描述 归档数据描述信息。 归档类型
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型,根据给定的目标分子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持S
蛋白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”,进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。 图2 输入分子 单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,如果需要设置靶
新建研究 进入“专题”页面,单击“新建研究”。 图1 新建研究 参考表1,设置运行信息。 表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好,并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。
聚类分析中”。 图9 聚类分析 待聚类分析完成后,单击“查看聚类结果”。进入聚类结果页。 图10 查看聚类结果 在聚类结果页面,可以查看每个聚类的分子数量等信息。 单击某个聚类的操作列的“查看详情”,即可进入聚类详情页面,聚类详情页支持以卡片、列表以及3D的形式查看。默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。
目中,一次至多导入50个应用。 使用“导入应用”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入应用”,进入导入应用页面。 图1 导入应用 选择需要引用的项目以及项目中的应用,选择应用的版本。“导入应用名称”是选填项,可以使用原有名称,或自定义。
权限。 冻结:冻结项目。一个项目可能由于某些原因暂时中止,此时可以将项目暂时冻结,待下次重新启动时再激活。处于“冻结”状态的项目,用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况,当前正在运行的分析作业会继续执行直到完成。冻结的项目可以通过“解冻”操作重新激活。 解冻:解冻项目。
存在一个创建好的项目。 单击项目名称后面,进入项目设置页。 选择“成员管理”,单击“添加成员”。 图1 添加成员 选择已添加至平台的成员名称及权限。 图2 选择成员 单击“确定”,将用户添加至项目中。 移除、修改项目成员 单击项目名称后面,进入项目设置页。 选择“成员管理”,在“权限”列重新设置项目成员角色。
发布数据 您可以将数据发布到资产市场,供其他项目订阅和使用。 发布资产前,需要先设置商标。详细可参考商标设置。 单击项目名称,进入项目管理页面,选择“数据”页签。 选择需要发布的数据或者文件夹,单击“操作”列的“更多>发布”。 图1 发布数据 在发布页面,填写发布数据的相关信息。
购买资源 盘古辅助制药平台购买完成后,单击“进入平台”,在平台右上角单击用户名,选择“资源中心”。 您可以根据实际需求选择购买功能调用套餐包和存储套餐包。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1
靶点口袋发现 靶点口袋发现实现全新元动力学算法,高效遍历柔性蛋白表面,找到潜在口袋位置。 单击“靶点口袋发现”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,选择靶点文件、探针文件,配置相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件。 探针文件:探针分子建议原子数不超过400,分子量过大可以
分析,同时显示“聚类分析中”。 待聚类分析完成后,单击“查看聚类结果”。进入聚类结果页。 在聚类结果页面,可以查看每个聚类的分子数量等信息。 图15 查看聚类结果 单击某个聚类的操作列的“查看详情”,即可进入聚类详情页面,聚类详情页支持以卡片、列表以及3D的形式查看。默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。
足医学数据分析及AI建模。 购买方式 什么是ECS 创建容器应用基本流程 快速创建一个kubernetes集群 3分钟创建一个游戏类容器应用 快速购买 计费说明 购买服务 快速创建一个kubernetes集群 自定义购买 什么是ECS 创建容器应用基本流程 快速创建一个kubernetes集群
靶点优化 靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类,实现靶点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。
创建子用户 使用管理员账户登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 图1 用户管理 在用户管理页面,单击左上角“创建用户”,进入“创建用户”页面。 填写用户信息,分配子用户权限。 填写必填信息。必填信息包括“用户名”、“角色”、“密码”。 “角色”分为管理员和操作员。权限区别请参见表
修改完成后,单击“保存”。 删除 数据库创建完成后,单击数据库名称进入数据库详情页,在页面左上角单击“编辑”按钮。 在需要删除的数据行的操作列单击“删除”。 图2 删除数据 在删除弹窗中,单击“确定”。 新增行 数据库创建完成后,单击数据库名称进入数据库详情页,在页面左上角单击“新增行”按钮。 图3
在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在页面最下方可以查看个人资源配额。 图1 个人资源配额 个人资源配额设置方法 登录系统管理员账号,在平台右上角用户名中选择“用户管理”,进入用户管理页面。在用户名最右侧的操作列,单击“配额设置”。 图2 配额设置 在“配额设置”页面,开启“用户资源配额”开关,填写“最大作业运行
所依托的应用和镜像会同步导入。 使用“导入流程”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入流程”,进入导入流程页面。 图1 导入流程 选择需要引用的项目以及项目中的流程,选择流程的版本。“导入流程名称”是选填项,可以使用原有名称,或自定义。