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估分子的合成难易程度。 聚类分析 目前分子属性预测返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游分析或者优化等。 在输出结果页面
用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 分析流程通过流程设计器创建,创建好的
作业信息 聚类分析 目前分子优化返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游分析或者优化等。 在输出结果页面左上角单击“聚类分析”后,
查看运行结果(3) 图7 查看分子详情 图8 查看作业信息 聚类分析 目前靶点口袋分子设计返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游的分子优化、合成路径规划等。
点击作业的“作业信息”页面可以查看作业的运行时间和配置参数。 图14 查看作业信息 聚类分析 目前分子对接返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的 辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游的分子优化、分子属性预测、合成路径规划等。
作业管理 分析作业管理简介 创建分析作业 创建自动作业 查看执行结果 作业执行失败排查思路 父主题: 用户指南(基因平台)
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能,通过获取示例数据,创建药物虚拟筛选任务并查看结果。
单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。 订阅的流程将显示在“项目管理 > 工具”页面的流程列表中。 步骤2:上传待分析数据 您在使用RNA-Seq流程前,请先上传待分析的数据,上传数据方法请参见数据管理。 步骤3:创建分析作业 单击项目名称,进入“项目管理”页面,并选择“工具”页签。 在“RNA-Seq Analysis
、删除和查询操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如,您可将Cell Ranger软件封装为镜像,并上传至EIHealth平台。通过应用把镜像引入,利用应用搭建分析流程,执行分析作业。 用于创建Notebook Notebook是一
单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。 订阅的流程将显示在“项目管理 > 工具”页面的流程列表中。 步骤2:上传待分析数据 您在使用Docking Summary流程前,请先上传待分析的数据,上传数据方法请参见数据管理。 步骤3:创建分析作业 单击项目名称,进入“项目管理”页面,并选择“工具”页签。 单击Docking
消息中心:支持异步任务提示。 商用 项目管理 预置流程 数据管理 工具管理 分析作业管理 开发环境 2020年8月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台上线 基于华为云AI和大数据技术优势,为基因组分析、药物研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。平台提
通用工具 MOL 3D Viewer MOL Editor 聚类分析 父主题: 功能模块
详情”、“查看3D”、“下游分析”、“下载3D”。 查看详情:单击查看详情,跳转至分子详情页进行查看。 查看3D:查看分子的3D视图。 下游分析:分子生成对应的下游分析为分子搜索、分子优化和合成路径,如果分子设置了靶点,可以选择自由能微扰进行下游分析,单击“确定”即可创建。 下载
符合要求的处理或采取相应保护措施,当您在复制或者引用数据的时候,需审视是否存在隐私数据,请谨慎操作。 上传数据方式 在开始执行分析作业前,请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同,您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式
系统级别用户管理 系统级的角色配置,可创建平台的子用户,并为其分配权限。详细介绍请参见用户管理。 项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。详细介绍请参见项目管理。 表2 盘古辅助制药平台用户管理类型 类型
二分型:预测二分类离散变量的模型,主要侧重定性分析。 模型数据 选择模型数据。可选择数据中心数据,或者示例数据。 仅支持CSV格式,数据条数支持100-50000条,文件不大于5MB。 组织共享 如果关闭,则该模型只能自己使用。 如果开启组织共享,则其他子用户也可以使用您的模型做分析。 默认为关闭。 单击“确定”。
物群体基因组为研究对象,以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段,以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法。一般包括从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序分析,或克隆DNA到合适的载体,导入宿主菌体,筛选目的转化子等工作。
符合要求的处理或采取相应保护措施,当您在复制或者引用数据的时候,需审视是否存在隐私数据,请谨慎操作。 上传数据方式 在开始执行分析作业前,请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同,您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式
工具”页面的流程列表中。 步骤2:上传待分析数据 您在使用NGS流程前,请先上传待分析的数据,上传数据方法请参见数据管理。数据要求是成对的双端测序样本,即您需要上传两个样本数据文件,例如:xxx.R1.fastq.gz和xxx.R2.fastq.gz。 步骤3:创建分析作业 单击项目名称,进入“项目管理”页面,并选择“工具”页签。