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用户指南(基因平台) 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境(Notebook) 大规模药物虚拟筛选
最小值:1 最大值:1000000 表7 MoleculeFile 参数 参数类型 描述 source String 文件来源,支持用户私有数据中心、公共数据和源数据。
系统管理 计算资源扩缩容 计算资源管理 数据库资源管理 用户管理 作业清理配置 标签管理 消息中心管理 节点标签管理 医疗平台信息获取 性能加速资源管理 资源监控数据获取 存储资源查询 系统配置和供应商配置 系统配额及资源使用情况获取 父主题: API(医疗智能体平台)
新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能,通过获取示例数据,创建药物虚拟筛选任务并查看结果。
OBS数据下载 OBS数据下载产生的流量费用为按需计费,计费详情请参考OBS流量费用中“公网流出流量 / 00:00-08:00(闲时)”和“公网流出流量 / 08:00-24:00(忙时)”。 父主题: 计费
存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 包含本项目桶最多挂载6个,不包含本项目桶最多挂载5个。
--data-disk-spec-code -d 否 额外数据盘规格。 --extra-data-disk-size -e 否 额外数据盘大小。 单位:G。 默认值:100。 --zone -z 是 可用区id。如:cn-north-7c。
OBS数据下载 OBS数据下载产生的流量费用为按需计费,计费详情请参考OBS流量费用中“公网流出流量 / 00:00-08:00(闲时)”和“公网流出流量 / 08:00-24:00(忙时)”。 变更配置 EIHealth平台暂不支持变更配置,请在购买时,根据您的实际情况购买。
表1 NGS执行步骤 步骤 描述 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 Mapping and Sort and index 将质控之后得到的Clean Reads比对到参考基因组上。
使用数据、应用、流程、作业命令时,需先使用switch命令进入待操作的项目中。使用逻辑与EIHealth平台一致,进入项目,再对项目内的数据等内容进行操作。 命令行的参数缩写支持合并使用,例如,-r -s 可以写成-rs。
新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 虚拟药物筛选简介 获取示例数据 创建虚拟药物筛选任务
购买计算资源(主账号操作) 计算资源说明 资源看板 计算资源 存储资源 性能加速(可选) 数据库(可选)
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
系统设置 安全设置 商标设置 作业消息设置 消息中心 邮箱设置 系统标签管理 个人资源配额 数据归档配置 父主题: 用户指南(基因平台)
运行大规模虚拟药筛任务 药物数据输入格式说明 订阅Docking Summary流程 新建研究 查看药筛结果 查看药筛作业和结果下载
--policy -p 否 查看项目的数据权限策略。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 不指定参数。
项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
开发环境(Notebook) Notebook简介 创建Notebook Notebook常用操作 数据的上传和下载 自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题: 用户指南(基因平台)
o 3 #列出当前project的job的基本信息 #表示跳过3条数据,从第4条数据开始取,取10条数据,也就是取4-13 10条数据 获取作业事件。