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药物虚拟筛选平台的输入数据，需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求，将数据上传至项目中。 输入蛋白质，pdb格式，将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子，配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串，第二列为smiles名称，中间用tab键分割。
ligand-smiles-to-3dsdf 将配体的smiles结构式转换为sdf文件。 ligand-3dsdf-to-pdbqt 将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 receptor-pdb-to-pdbqt 将pdb文件转换为pdbqt文件。 qvina-w 执行分子对接操作（此处为blind
在“数据”页面，使用“复制”，将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击“复制”。 图2 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹，以及数据存储路径，单击“确认”，复制数据。 例如，将“test.zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图3 复制数据
繁读写场景的任务建议开启IO加速，开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速：使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时，需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速，使用OBS桶中数据用于本地盘加速，可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹（包含src文件夹本身）至本地data路径，且下载过程中不进行询问提示。 health download /src/ D:\local\data -r -f 递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹（不包含src文件夹本身）至本地data路径，且下载过程中不进行询问提示。
递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹（包含src文件夹本身）至本地data路径，且下载过程中不进行询问提示。 health download /src/ D:\local\data -r -f 递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹（不包含src文件夹本身）至本地data路径，且下载过程中不进行询问提示。
靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类，实现靶点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片，进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件，文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体，默认只处理第一个。 靶点预处理： 去配体：提交任务时系统会自动删除配体。 是否平衡电
and index 将质控之后得到的Clean Reads比对到参考基因组上。 bwa-mem:0.7.17 该镜像由bwa和samtool合并而成，镜像制作方法请参见制作bwa-mem镜像。 Insert Size Estimation 针对构建Index后的bam文件，统计测序数据的Insert
设置GPU大小。 内存 设置内存大小。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标，设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据，可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。 参数确认无
修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片，进入上传文件页面。 在上传页面右侧，选择上传受体，上传配体，选择中心配体。 上传受体：受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体：配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件，且只支持3D结构。 选择参考配体：当前自由能微扰支持自动规
繁读写场景的任务建议开启IO加速，开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速：使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时，需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速，使用OBS桶中数据用于本地盘加速，可能会导致作业运行失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时，当数据大于40G时作业会投递失败。
您可以通过“上传靶点”，将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件，提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后，运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体： 将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。
在配置页面，可以在左侧绘制分子，也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件：支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数：合成路径规划的路径数量。路径数量增加，将展示更多的合理合成路径；路径数量减少，可能会有部分
使用create workflow命令引用本地的配置文件，创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。 --description
选择AI引擎并新建一个Console 文件创建成功后，将直接呈现Console页面。 图6 新建文件（Console） 上传文件 进入JupyterLab页面后，您可以单击左上角“Upload”快捷键，从本地选择一个文件上传。 图7 上传文件 编辑文件 JupyterLab可以在同一个
单击图标，可设置数据来源，可以指定File或者Directory类型参数。这里我们将NA12878目录下的两个fastq文件分别指定成fastp-file1和fastp-file2。 图8 设置fastp输入数据 将GRCh38目录指定成bwa-mem与picard-insertsize的输入。
submit命令引用本地的配置文件，启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 是 本地的作业模板路
创建应用 使用create app命令引用本地的配置文件，创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description
在配置页面输入分子信息，及配置相关参数。 输入方式：支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子：只能绘制一个分子，能够输入分子的SMILES。 选择文件：选择分子文件，最多支持100万个小分子，且分子文件大小不超过2GB。支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。文件来源包括数据中心和示例数据。 手动输入：
在“作业”列表中，可单击作业名称查看作业信息和输入输出数据。 图8 查看作业信息 单击输出路径，可跳转至输出文件位置。html文件支持在线预览，zip文件可下载至本地查看。 图9 输出数据 图10 预览html文件 图11 获取zip文件 父主题： 运行作业
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