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请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 receptor 是 ReceptorDto object 受体文件。 ligand 是 DrugFile object 配体文件。 engine 否 String 引擎,默认为AUTODOCK_VINA。 缺省值:AUTODOCK_VINA
是否必选 参数类型 描述 source 否 String 文件来源,仅支持RAW。 最小长度:1 最大长度:6 format 否 String 文件格式,仅支持CIF。 最小长度:1 最大长度:6 data 是 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000
创建药物作业基本信息。 receptor 是 TargetOptReceptor object 受体文件。 ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。 表4 CreateDrugJobBasicInfo
最大长度:512 数组长度:10 - 10000 molecule_file 否 DrugFile object 分子文件,分子表达式列表和分子文件二选一,分子文件优先级最高。 binding_sites 否 Array of BindSiteDto objects 靶点列表。 数组长度:0
获取Windows版本的命令行工具,得到health.exe文件,health文件无需安装,放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R,输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘:
本示例中以Windows系统为例,介绍安装命令行工具的方法。 获取Windows版本的命令行工具,得到health.exe文件,health文件无需安装,放置在任一文件夹中即可。例如,放到C盘Users文件夹中。 图1 下载命令行工具 使用键盘win键+R,输入cmd,并单击“确定”打开windows的cmd窗口。
删除单个对象时生成结果清单文件。 --versionId -V 否 待删除对象的版本号。 --o -o 否 生成结果清单文件的文件夹,命令执行完成后,会在该文件夹下生成结果清单文件(可能包含成功结果和失败结果两个文件),默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_output。
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI、CIF,仅数据源为RAW时提供。
下载链接的内容可以是zip、tar.gz文件、二进制文件,如果是压缩文件,文件夹内的obsutil必须命名为obsutil(和obsutil官方链接保持一致)。 --force -f 否 强制操作。如果下载obsutil时,指定的obs-install-path上已经有同名文件,不带-f时会提示用户,带上-f会直接覆盖原文件。
通过设置邮箱,发送平台的通知。设置邮箱功能只有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置邮件配置。 服务器地址:邮箱开通SMTP功能时的服务器地址,不同邮箱开通SMTP方式不同,请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址:填写邮箱地址,用于发送EIHealth平台的消息通知。
-y 否 获取任务实例详情时,以yaml格式输出任务实例详情(默认json格式)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
数据等资产。这些信息的处理将遵循您已接收的《华为云用户协议》及《隐私政策声明》约束。 下载地址中带有sha256后缀的链接,指的是对应软件包的校验文件。例如:Windows x64版本的下载链接是health-windows-x86_64 ,它的校验文件下载链接则是health-windows-x86_64
内存 设置内存大于8G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的当前项目OBS路径下的内容操作,暂不支持引用的项目数据路径。
数据上传下载请参见数据的上传和下载。 对于非挂载目录以外的目录下的文件,重启Notebook后会消失。例如,上传文件至Notebook的根目录下,该文件并不在被挂载的obs路径中,重启Notebook,该文件会消失。 图3 Upload上传数据 父主题: 资产市场
请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。
> 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2 下载小分子构想数据 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
fasta格式文件,最多上传1个文件,文件中最多支持100条氨基酸序列,每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 pdb格式文件,最多上传100个靶点文件,如果上传多聚体靶点,仅解析第一条链,每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图2 靶点配置选择文件 输入PDB ID,最多输入100个PDB
a/目录进行归档,a/目录下最深一级的文件 a/xxxx/xxx./.../obj的总长度不能超过987。 执行归档操作时,若包含禁止删除的文件或文件夹,并打开了删除原数据开关,则被设置为禁止删除的文件或文件夹会删除失败,其他文件或文件夹删除正常。 使用obsutil上传数据,必须加full
通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。
这个集群上构建数据库。 数据文件:输入数据库文件,仅支持CSV格式,文件不大于1G,数据条数支持最多5,000,000条,超过5,000,000条将进行截取。文件必须有两列是“SMILES”、“NAME”,不区分大小写。文件不允许有中文,数据库小分子会自动去重。 数据文件列名:选