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MPI 操作场景 该任务指导用户在BMS集群上运行Intel MPI应用(l_mpi_2017.3.196版本)。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 集群中所有的BMS,均已安装Spectrum MPI。 操作步骤 关闭防火墙。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,关闭BMS防火墙。
Spectrum MPI 操作场景 该任务指导用户在BMS集群上运行Spectrum MPI应用(10.01.01版本)。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 集群中所有的BMS,均已安装Spectrum MPI。 操作步骤 关闭防火墙。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,关闭BMS防火墙。
社区OpenMPI 操作场景 该任务指导用户在BMS集群上运行社区OpenMPI(以3.1.1版本为例)。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 集群中所有的BMS,均已安装社区OpenMPI。 操作步骤 关闭防火墙。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,关闭BMS防火墙。
status 图1 确认关闭防火墙成功 依次登录集群中所有BMS,重复执行1.b~1.c,关闭所有BMS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,查看BMS的主机名。 $ hostname 图2 查看BMS的主机名 依次登录集群中所有BMS,重复执行1.b~2
安装和使用社区OpenMPI 操作场景 该任务指导用户在BMS集群上运行社区OpenMPI(以4.0.2版本为例))。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 集群中所有的BMS,均已安装社区OpenMPI。 操作步骤 关闭防火墙。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,关闭BMS防火墙。
安装和使用MPICH 操作场景 该任务指导用户在BMS集群上运行MPICH应用(mpich-3.3.2版本)。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 集群中所有的BMS,均已安装MPICH。 操作步骤 关闭防火墙。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,关闭BMS防火墙。
安装和使用Intel MPI 操作场景 本节指导用户在BMS集群上安装和使用Intel MPI应用(以版本l_mpi_2018.0.128为例)。 对于集群中的每台BMS,都需要执行该操作。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 操作步骤 安装Intel MPI。 下载Intel
社区OpenMPI 操作场景 本节指导用户安装和使用社区OpenMPI(以3.1.1版本的OpenMPI为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 安装HPC-X工具套件。 下载需要的HPC-X工具套件以及OpenMPI。 使用社区OpenMPI时,需要同时使用Mellanox的HPC-X
IB驱动自带的OpenMPI 操作场景 该任务指导用户在BMS集群上运行IB驱动自带的MPI应用(3.1.0rc2版本)。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 集群中所有的BMS,均已安装IB驱动自带的OpenMPI。 操作步骤 关闭防火墙。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,关闭BMS防火墙。
Platform MPI 操作场景 本节指导用户在ECS上安装和使用Platform MPI应用(以版本platform_mpi-09.01.04.03r-ce为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 安装Platform MPI。 执行以下命令,安装需要的库文件。
MPI 操作场景 该任务指导用户在鲲鹏BMS集群上运行IB驱动自带的MPI应用(以版本4.0.2a1为例)。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 集群中所有的BMS,均已安装IB驱动自带的OpenMPI。 操作步骤 关闭防火墙。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,关闭BMS防火墙。
MMPS, GROMACS。同时HPC常用的调度软件也对断点续算有集成支持,如PBS、Slurm与LSF等。 本节以LAMMPS为例,介绍如何在HPC进行断点续算。 步骤1 安装FFTW 依次执行以下命令,安装FFTW软件。 yum install gcc-gfortran gcc-c++
IB驱动自带的OpenMPI 操作场景 本节指导用户安装和使用IB驱动自带的OpenMPI(以版本3.0.0rc6为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 检查是否已安装IB驱动。 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 执行以下命令,切换为root 用户。 $ sudo su
安装和使用MPI 弹性云服务器场景支持使用的MPI IB驱动自带的OpenMPI 社区OpenMPI Spectrum MPI Intel MPI Platform MPI 父主题: 弹性云服务器场景典型应用
Power 8 Linux Red Hat Enterprise Linux version 7.3及其之后的版本 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 获取软件包。 获取IBM Spectrum MPI软件包。 下载地址:https://www-01.ibm.com/
基于STAR-CCM+部署HPC集群 方案概述 资源和成本规划 STAR-CCM+部署HPC集群流程图 实施步骤 附录 父主题: 弹性云服务器场景最佳实践
在HPC集群上运行Spectrum MPI 在HPC集群上运行Intel MPI 在HPC集群上运行Platform MPI 父主题: 弹性云服务器场景典型应用
使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 登录用户为创建弹性云服务器时指定的用户名。 执行以下命令,防止系统超时退出。 # TMOUT=0 执行以下命令,验证参加测试的弹性云服务器之间是否可以免密码互相登录。 $ ssh 用户名@SERVER_IP 执行以下命令,关闭弹性云服务器的防火墙。 #
操作场景 该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行社区MPI应用(3.1.1版本)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。 操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 登录用户为创建弹性云服务器时指定的用户名。
企业分支、科研组织机构等跨全球地理位置进行及时协同工作,提高效率。 可以利用公有云的跨地域能力,共享计算资源,海量数据,并能实现云端大数据分析。 优化性能 性能比普通云服务器大幅提升。 通过虚拟化优化(SR-IOV、PCI直通)等,各类测试报告显示:大规模云化HPC性能损耗不大。 约束与限制 MPI和通讯库的