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应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照Fa
如何将Notebook中的数据下载至本地 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》 配额管理”章节。
直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错 问题现象 运行作业时,作业直接挂载OBS目录进行大规模计算。偶现“异常应用”,并日志报错input/output error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。
上传大于1GB数据 当数据过大,或者数据处于服务器上时,页面传输并不是很方便,所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令,将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
将左侧应用列表中的应用,拖拽至画布中。对于由多个应用构成的流程,通过连接线指定输入、输出关系进行链接。 鼠标移动至应用中,会出现一个“空心圆”,拖动“空心圆”,将连接线移动到目标应用上。 图4 搭建流程 只有当应用的输入、输出参数类型相同时,才可以进行连接。例如,将app1和app2连接接起来,app1的输出,app2的输入均为file类型。
环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,ECS如果为Linux操作系统,可以依次执行如下命令快速安装容器引擎。
反复利用并也可以让其他人很容易的使用,不用担心复杂的开发环境问题。 流程是由1各或者N个应用串联构建而成,平台页面以简单拖拽、连接的方式将不同的应用连接起来构建成一个分析流程,避免了写繁杂的bash脚本。 步骤1:订阅应用 进入资产市场,分别订阅fasp,bwa-mem,bamq
--instance-name -n 是 实例名称。 --event -e 否 该参数用于获取任务实例事件列表。不带该参数,默认输出任务实例详情(默认json格式)。 --file-path -p 否 获取任务实例详情时,设置任务实例详情下载路径。 --yaml -y 否 获取任务实例详情时,以yaml
自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像,依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务,参考步骤1.连接容器镜像服务操作,然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。 # 基础镜像 docker pull swr.cn-north-4.myhuaweicloud
在分子对接中,预置了大量的分子库可供选择。 先导化合物优化 在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子设计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对模型进行管理以及在平台上用自己的模型进行分析。
None 医学文本标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行数据管理和标注 07:08 医学文本管理和标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行团队标注 05:44 医学文本团队标注 药物虚拟筛选 医疗智能体 EIHealth 药物虚拟筛选
最小长度:1 最大长度:128 id 是 String 云服务器ID 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Toke
登录平台方式 管理员(购买平台的账户) 登录医疗智能体管理控制台。 选择账号登录,填写账号名和密码,登录平台。 图1 登录界面 子用户(子管理员、操作员) 登录医疗智能体管理控制台。 选择IAM用户登录,填写账号名、IAM用户名、密码,登录平台。 账号名:与管理员(购买平台的账户)的账号名一致。
步骤3:进入jupyterlab环境使用genomeagent智能体框架 选择步骤2中状态为“运行中”的Notebook实例,单击“操作”列的“打开”访问Notebook,请参考打开Notebook。 进入Notebook的根目录下“genomeagent_examples”文
状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 server String 服务器地址 subject_prefix String 展示名 user_name String 用户名 email String 邮箱 language String 语言类型 枚举值: en_us
最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应
CSS集群管理 绑定CSS集群 获取CSS集群列表 获取最终租户CSS集群列表 测试CSS集群连接 CSS集群解绑 父主题: API(盘古辅助制药平台)
是否必选 参数类型 描述 server 是 String 服务器地址 最小长度:1 最大长度:128 subject_prefix 否 String 展示名 最小长度:0 最大长度:128 user_name 是 String 用户名 最小长度:1 最大长度:128 password 是
医疗智能体平台提供了REST(Representational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读