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如何在Notebook中安装外部库 在Jupyter Notebook中安装 例如，通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中，选择“New”（新建），然后选择“TensorFlow-1
安装Nextflow 功能介绍 安装Nextflow（file和version参数必须提供其中一种） 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装，安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
如何搭建Docker环境 制作Docker镜像，有以下两种方法。 快照方式制作镜像（偶尔制作的镜像）：在基础镜像上，比如Ubuntu，先登录镜像系统并安装Docker软件，然后整体制作快照，即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：
ws-x86_64.zip.sha256。 安装eihealth-toolkit 本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。 获取Windows版本的命令行工具，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具
er”。 选择安装位置，按“Enter”。 安装完成后，输入“yes”。 初始化Anaconda配置并测试安装。 执行以下命令初始化Anaconda配置。 export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH source ~/.bashrc 测试安装。 conda
令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 检查安装结果。 执行docker --version命令，如果显示如下类似信息，表示Docker安装成功。 图1 Docker安装成功 步骤2：制作镜像
执行以上命令，会在系统所在的用户目录下自动生成“.health”文件夹，文件夹中包含config.ini配置文件，用于存储任务执行所涉及到的配置，如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改，如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息，为了避免密钥泄露，会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。
安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎，可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装，用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境，或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
本章节介绍如何使用自定义镜像创建Notebook（在基础镜像中安装化学分子格式转换工具Open Babel），详细步骤如下所示： 步骤1：安装容器引擎 步骤2：获取Notebook基础镜像 步骤3：制作并上传镜像 步骤4：创建并使用Notebook 步骤1：安装容器引擎 在制
有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像
个人设置 在平台右上角用户名中选择“个人设置”，可以修改邮箱、手机号和密码。最终租户仅可修改邮箱和手机号，子用户可以修改可以修改邮箱、手机号和密码。 图1 修改个人信息 父主题： 系统设置
上传镜像到SWR镜像仓库 上传镜像前，您需要安装容器引擎并完成镜像的制作，详细操作请参考安装容器引擎、制作Docker镜像。如果您已经安装了容器引擎，请跳过该步骤。 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
快照方式制作镜像（偶尔制作的镜像）：在基础镜像上，比如Ubuntu，先登录镜像系统并安装Docker软件，然后整体制作快照，即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：将软件安装的流程写成DockerFile，使用Docker build构建成Docker镜像。
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令，请在本地搭建Docker环境，要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目，需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker
EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook，可为您提供在线的开发和调试工具，用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作，只需聚焦于科研工作，从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook的详细操作指导，请参见Jupyter Notebook使用文档。
令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 检查安装结果。 执行docker --version命令，如果显示如下类似信息，表示Docker安装成功。 图1 Docker安装成功 步骤2：制作镜像
用户名中选择“用户管理”，在“操作”列中选择“安全设置”，重置其他用户的邮箱、手机和密码信息。 单击“重置邮箱”后，可以选择清除邮箱或绑定新邮箱。 单击“重置手机号”后，可以选择清除手机号或绑定新手机号。 单击“重置密码”后，输入新密码和确认密码。用户密码重置成功后，首次登录成功需要再次修改密码。
有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像
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