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-t 否 超时时间。运行时间超过设置时间时，认为超时，默认1440分钟，最大可设置为144000分钟。 --labels -l 否 标签。多个标签使用;符号分隔开。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 对于可选参数，如果命令中包含了特殊字符，
haplotypecaller、gatk-mergevcfs和discvrseq-variantqc应用构成。NGS流程执行步骤如表1所示。 表1 NGS执行步骤 步骤 描述 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 Mapping and Sort and
size分布的pdf文件。 参数填写无误后，单击界面上方“启动作业”，运行作业。 步骤4：查看执行结果 在“项目管理”页面选择“作业”页签，单击创建的NGS作业名称，进入详情页，查看执行结果。 图2 执行结果 作业运行完成后，单击应用进度条中的“输出参数”，可跳转至数据所在路径，获取运行结果数据。
像。 执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。 FROM broadinstitute/gatk:4.1.9.0 RUN apt-get update RUN apt-get install -y parallel 按Esc键，并执行:wq退出Dockerfile。
不填写项目名时，若当前所在项目是lmx-test-01，则执行如下命令后会更新当前项目中源项目为lmx-test-01的镜像demo-image的类型。 health docker update demo-image --type APP --chip ARM # 执行成功返回结果如下 update image
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1：获取认证信息 步骤2：下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3：初始化配置 步骤4：查看与执行操作命令
作业管理 作业管理简介 创建作业 管理作业 查看执行结果 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
被冻结、删除、转移和分享，执行此类操作需要该项目的成员拥有相关权限。 冻结：项目当前不可用。处于“冻结”状态的项目，用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况。冻结的项目可以通过解冻操作重新激活。 删除中：项目删除中。需先冻结项目，才能执行删除操作。删除的核心项目，
Nextflow 简介 安装/卸载Nextflow 新建流程 管理流程 新建作业 管理作业 约束限制 作业执行失败排查思路 父主题： 用户指南（基因平台）
本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health get retention # 执行成功返回结果如下 Name Retain Number message 500000 Name
String 数据库更新时间。 creator String 创建数据库的用户名称。 failed_message String 失败提示，当作业执行失败时会返回。 css_id String css集群id。 css_name String css集群名称。 files Array of
https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh 安装Anaconda。 执行如下命令。 wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64
5]，不能包含中文字符 commands: # docker启动时执行命令 单行命令长度取值范围[0-256]，不能包含中文字符，支持多行输入，最多支持300行。 - 'echo eihealth;'
作业运行失败描述信息，当作业执行失败时会返回 failed_reason String 作业运行失败原因，当作业执行失败时会返回 workflow_name String 流程名称 workflow_id String 流程id command_line String nextflow执行命令 params
看镜像的详细信息，执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如，您可将Cell Ranger软件封装为镜像，并上传至EIHealth平台。通过应用把镜像引入，利用应用搭建分析流程，执行分析作业。 用于创建Notebook
h-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health get vendor-config # 执行成功返回结果如下 the vendor name is xxxx，and download the logo picture to /root/demo/
取值范围为0-50。 CPU执行规则 设置CPU自动扩容的条件。 启用规则：默认开启。 触发条件：设置CPU分配率达到的条件，当满足设置的条件时进行自动扩容。取值范围：1-100。默认值：80。 执行动作：设置当达到触发条件时，增加的节点个数。取值范围：1-50。默认值：1。 内存执行规则 设置内存自动扩容的条件。
的其他项目。 图2 归档数据 执行归档操作时，归档的对象，其最深目录下的对象路径长度不能超过987，否则会归档失败。例如，选择项目中的 a/目录进行归档，a/目录下最深一级的文件 a/xxxx/xxx./.../obj的总长度不能超过987。 执行归档操作时，若包含禁止删除的文件
本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health get quota # 执行成功返回结果如下 Name Used Total Unit Total projects
从源项目lmx-project-02导入镜像到当前项目。 health docker import lmx-project-02/demo-image-1:1.0 # 执行成功返回结果如下 import image succeesfully! 父主题： 镜像管理命令
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