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15:48:05.869 [main] DEBUG nextflow.scm.ProviderConfig - Using SCM config path: /home/service/.nextflow/scm", "Mar-07 15:48:05
单击界面右侧“订阅”图标，订阅该流程。 订阅的流程将显示在“项目管理 > 工具”页面的流程列表中。 步骤2：上传待分析数据 您在使用RNA-Seq流程前，请先上传待分析的数据，上传数据方法请参见数据管理。 步骤3：创建分析作业 单击项目名称，进入“项目管理”页面，并选择“工具”页签。 在“RNA-Seq Analysis
上传镜像前，您需要安装容器引擎并完成镜像的制作，详细操作请参考安装容器引擎、制作Docker镜像。如果您已经安装了容器引擎，请跳过该步骤。 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构 health switch project
EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用，并将其编排调度，形成自定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理 数据管理常用操作 命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业
缺省值：false 表7 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
docker images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 登录EIHealth平台，在镜像列表中查看已上传的镜像。 步骤4：创建应用 在“项目管理”页面“工具”页签中，单击“新建应用”。 填写应用的基本信息。 “名称”填写fastqc，“版本”填写v0
建者、创建时间；在操作列，您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作，运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件 在“工具”中完成流程创建。 在“数据库”中完成样本集的数据库创建。数据库的每一行对应一个任务，如果满足触发条件，就会在平台自动运行，并在分析任务列表添加一条记录。
ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
药物通用接口 生成分子SVG图 生成分子SDF三维结构 受体预处理 受体信息解析 受体口袋检测 配体格式转换为SMILES 生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务
预计结束时间，毫秒。 表6 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
数据管理常用操作 复制数据 解除引用 下载数据 禁止/允许删除数据 删除数据 恢复数据 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限，详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称，不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符，将不支持下载，可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。
不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示： 分子优化靶点设置界面，受体展示正常。 但是下载该靶点文件后，使用通用工具Mol 3D Viewer打开，会出现蛋白显示不完整的情况，如下图所示。 此时可将受体文件中的REMARK行进行删除，即可解决该问题。 父主题：
预计结束时间，毫秒。 表6 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1：订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程，以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2：订阅数据 若您本地有需要分析的二代基因组数据，则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。
分享：关闭分享后，项目内数据不允许分享给其他项目，包括拷贝、引用两种方式。 下载：关闭下载后，项目内数据不允许下载至本地。 删除：关闭删除后，项目内数据不允许通过平台、命令行工具删除。 图1 数据保护策略 数据审计 平台通过云审计服务（CTS）提供操作记录的收集、存储和查询，审计操作可以设置导出用户的写操作（默认）
数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具（eihealth-toolkit）配套EIHealth平台，提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用，支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。 对于非挂载目录以外的目录下的文件，重
数据管理常用操作 复制数据 下载数据 删除数据 查看3D 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限，详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称，不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符，将不支持下载，可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、
参考的配体文件。 表4 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
缺省值：100 表4 FastaReceptor 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
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