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是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有
source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数
source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数
及《隐私政策声明》约束。 下载地址中带有sha256后缀的链接,指的是对应软件包的校验文件。例如:Windows x64版本的下载链接是health-windows-x86_64 ,它的校验文件下载链接则是health-windows-x86_64.zip.sha256。 详细的
input2=xxx;xxx;;task2.input1=xxx;;xxx --input-file -f 否 输入参数对应的文件路径(本地路径),该参数与流程中的输入文件路径对应,通过修改input-file,修改输入数据。 选择时,input和input-file二选一。 格式为:{"task0":
配置公共读可参考配置标准桶策略,将桶策略设置为“公共读”。一般私密数据不建议用此方法。 目前仅支持访问用户个人OBS下的链接,不支持读取其他用户公共读的链接。 上传待检测的图片 请参见OBS文档上传对象。 获取图片URL 请参见OBS文档获取对象URL。 父主题: 附录
图1 作业设置 场景2 作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 排查思路 首先需要用户自行确认一下投递的作业是否会在控制台打印日志,如果是有重定向日志输出到具体文件的话,此处无日志为正常现象。 子任务的事件中,确认作业子任务的实例是否有正常创建。 图2
支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。 大分子支持PDB编号自动下载。 相互作用的可视化。 支持分子的编辑、标注。 测量、测量距离、角度、二角面等。 结构叠合,将不同结构叠合在一起,用于比较结构差异。 输出指定蛋白口袋的位置及大小,用于分子对接。 导出不同分辨率的图片文件。 播放与制作分子动力学轨迹动画。
您可以将数据发布到资产市场,供其他项目订阅和使用。 发布资产前,需要先设置商标。详细可参考商标设置。 单击项目名称,进入项目管理页面,选择“数据”页签。 选择需要发布的数据或者文件夹,单击“操作”列的“更多>发布”。 图1 发布数据 在发布页面,填写发布数据的相关信息。 表1 发布数据参数说明 参数 说明 名称 发布
在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面 输入小分子:可以通过输入SMILES、上传文件或者直接绘制输入小分子。最终以SMILES为准。 选择算法:可以选择ECFP4 Tanimoto相似度或者骨架搜索。ECFP4 Tanim
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter No
上传小于1GB数据 上传数据 上传数据是最常用的添加数据功能,但由于网页传输大文件时存在一定的限制,所以上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。
EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板灵活的定义数据结构,描述数据及其关系。数据库以项目
递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹(包含src文件夹本身)至本地data路径,且下载过程中不进行询问提示。 health download /src/ D:\local\data -r -f 递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹(不包含src文件夹本身)至本地d
进入命令模式。 删除文件或文件夹 如果需要在Notebook中删除文件或文件夹,您可以在“Files”列表中勾选待删除的文件或文件夹,然后单击上方的红色删除按钮,即可删除选中的文件或文件夹。 文件或文件夹删除完成后,需单击右上角的刷新按钮刷新页面,清除缓存文件。 图4 删除 使用Notebook
单击“下一步”,添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”,添加流程文件。 如果流程文件上传的是zip包,则可以选择添加“主文件”。主文件必须为.nf,为压缩文件夹中的文件完整路径。例如:main.nf。若不填写,默认为main.nf。 支持上传的文件格式为nf、 zip,大
存放配体3D sdf文件的文件,默认文件名为3d.sdf。 输出参数 dir-out directory 转换后存放配体pdbqt文件的文件夹。 receptor-pdb-to-pdbqt 输入参数 dir-in directory 受体的pdb文件所在的文件夹。 输出参数 dir-out
summary中保存有汇总的数据文件。 task-1-ligand 3dsdf to pdbqt:将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf:将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor
通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程文件后的“下载”,可下载该流程文件。 下载流程参数 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程参数后的“下载”,可下载该流程设置的参数文件。 图1 下载流程文件/参数 父主题: Nextflow
pdbqt:将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf:将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor pdb to pdbqt:将受体的pdb文件转换为pdbqt文件。 task-4-qvina-w:分子对接。