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受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋，检测类型基于配体，基于氨基酸残基，自动检测，自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket
Long 指定下载对象的结束位置 最小值：0 最大值：9223372036854775807 响应参数 无 请求示例 文件下载，其中文件类型为PUBLIC，文件链接如下。 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{proj
project的项目中。 使用命令行工具，用mkdir命令创建存储数据的文件夹。 例如，使用health mkdir input-data命令创建名为input-data的文件夹。 将本地数据上传至项目文件夹中。 例如，将Linux系统下root/health_test路径中xxx
生效。 --o -o 否 生成结果清单文件的文件夹，命令执行完成后，会在该文件夹下生成结果清单文件（可能包含成功结果、失败结果和警告结果三个文件），默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_output。 结果清单文件命名规则：cp_{succeed | failed
ApplyBQSR 基于比对bam文件进行矫正。 gatk HaplotypeCaller 基于比对和矫正之后的bam文件进行Variant Calling的工作。 gatk MergeVcfs 合并分bin变异检测的VCF文件。 Variant QC 针对输出的VCF文件进行质控。 图1 NGS执行步骤
二代测序fastq的Read1文件。 fastq-file2 file 二代测序fastq的Read2文件。 输出参数 fq-file1 file Read1过滤之后输出fq.gz文件。 fq-file2 file Read2过滤之后输出fq.gz文件 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。
gatk MergeVcfs 合并分bin变异检测的VCF文件。 gatk-mergevcfs:4.1.9.0 docker pull broadinstitute/gatk:4.1.9.0 Variant QC 针对输出的VCF文件进行质控。 discvrseq-variantqc:1
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
命令行工具并完成配置。 获取NGS作业配置文件 编写NGS作业配置文件有两种方式，建议您使用第一种，通过获取已经执行成功的NGS配置文件，并在该配置文件基础上进行修改，得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台
搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮，保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
成“.health”文件夹，文件夹中包含config.ini配置文件，用于存储任务执行所涉及到的配置，如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改，如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息，为了避免密钥泄露，会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。
参数名称：html-file 数据类型：File 必传：是 默认值：/gatk4-VariantQC.html 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 File 文件流对象 target_folder 否 String 目标文件夹 最小长度：0 最大长度：2000 part_number 否 String 分段序号，表示第几个文件片段 缺省值：1 最小长度：1 最大长度：4 total_part
创建配体文件预览任务 功能介绍 创建配体文件预览任务，支持SMI、SDF、PDB、MOL2。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview 表1
file 是 ConvertFile object 待转换文件。 in_format 是 String 待转换文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI。 最小长度：0 最大长度：6 out_format 是 String 转换后文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI。 最小长度：0
String 文件夹名称 最小长度：1 最大长度：2000 parent_folder 否 String 所在文件夹 最小长度：0 最大长度：2000 响应参数 状态码： 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 创建文件夹返回体 请求示例 创建文件夹，文
数组长度：0 - 1000 has_more Boolean 文件中是否还有更多配体没有处理；即当前数量是否表示整个文件的配体数量，若该值为false则表该配体文件含有count数量个配体；若该值为true则表示该配体文件含有大于count数量个配体（即count不完全统计）；例如
删除配体文件预览任务 功能介绍 删除配体文件预览任务。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview/{task_id} 表1 路径参数
private url 是 String 文件URL，用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 eihealth_project_id 否 String 数据库文件所在项目id，仅文件为数据中心时填写。 最小长度：1 最大长度：128 响应参数
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台，创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
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