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作业配置文件说明 流程创建完成后，可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台，运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业，运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。
使用health get workflow -s命令获取创建流程的模板，复制模板并保存到本地，您可以保存成.yaml或txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 在本地编写模板，模板填写好后，再使用命令行工具上传模板，创建流程。示例流程由app1和app2两个应用构成，通过指定输入、输出关系链接两个应用。
清理本地记录的上传文件 上传对象时，支持断点续传功能，本地因此可能会残留上传异常产生的文件，可以使用该命令对异常文件进行清理。 命令结构 health clear [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 upload -u 是 上传文件时，本地生成的断点目录。
为什么下载的部分靶点文件，显示不完整 由于molstar插件自身问题，部分靶点文件中存在REMARK行，会导致受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示： 分子优化靶点设置界面，受体展示正常。 但是下载该靶点文件后，使用通用工具Mol 3D Vie
DrugFile object 配体文件。 ref_file 是 DrugFile object 参考的配体文件。 表4 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。
根据center、size、padding参数生成可渲染的口袋文件内容 功能介绍 根据center、size、padding参数生成可渲染的口袋文件内容。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_
根据表面离散点坐标集生成可渲染的文件内容 功能介绍 根据表面离散点坐标集生成可渲染的文件内容。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/surface-points
在添加数据前，您可以创建存储数据的文件夹，将数据存储在对应的文件夹中。如果已有存储数据的文件夹，可以直接添加数据。 （可选）新建文件夹 在项目页面选择“数据中心”。 单击“新建文件夹”，创建文件夹。 图1 新建文件夹 文件夹名称命名规则： 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。 单个斜杠（/）表示分隔并创建多层级的文件夹。
生成相互作用2D图 功能介绍 生成相互作用2D图，若不提供配体文件，则受体文件中必须包含配体；若提供配体文件，则受体中的配体（若有）则会被忽略。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/d
在添加数据前，您可以创建存储数据的文件夹，将数据存储在对应的文件夹中。如果已有存储数据的文件夹，可以直接添加数据。 （可选）新建文件夹 单击项目名称，并选择“数据”。 图1 数据管理 单击“新建文件夹”，创建文件夹。 文件夹名称命名规则： 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。 单个斜杠（/）表示分隔并创建多层级的文件夹。
单击“分子对接”功能卡片，进入分子对接受体预处理页面，单击上传受体文件，进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式，若文件中存在多个受体，默认只处理第一个。受体文件支持上传1个或者多个文件，最多支持输入20个受体文件，文件来源包含数据中心、PDB库、示例数据。 图1 上传受体文件 受体预处理参数配置。 去水：去掉受体蛋白里面的水分子。
v0.11.5 方法2：通过Dockerfile制作FastQC镜像。 执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。 FROM ubuntu:16.04 # FastQC依赖java运行，需安装java环境。安装执行下载、解压缩的软件包 RUN apt-get
生效。 --o -o 否 生成结果清单文件的文件夹，命令执行完成后，会在该文件夹下生成结果清单文件（可能包含成功结果、失败结果和警告结果三个文件），默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_output。 结果清单文件命名规则：mv_{succeed | failed
请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 receptor 是 ReceptorDto object 受体文件。 ligand 是 DrugFile object 配体文件。 engine 否 String 引擎，默认为AUTODOCK_VINA。 缺省值：AUTODOCK_VINA
图1 聚类分析配置页面 输入方式：选择文件和手动输入类型。 上传分子文件：选择可上传的分子文件。分子文件支持SMI格式文件；文件大小不超过5G；小分子支持10-10,000个，超出10,000的分子会进行截断。 输入小分子：可以通过上传文件或输入SMILES以输入小分子。 名称：
oad”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时，您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选
是否必选 参数类型 描述 source 否 String 文件来源，仅支持RAW。 最小长度：1 最大长度：6 format 否 String 文件格式，仅支持CIF。 最小长度：1 最大长度：6 data 是 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000
单击具体的每个应用，可以查看每个应用的运行信息：输入输出，节点参数，应用以及日志等信息。 单击具体的输出参数便可跳转到具体的文件位置。 图14 查看应用信息 图15 查看输入、输出数据位置 单击输出参数路径，可以跳转至输出文件位置。 图16 获取输出数据 父主题： 运行作业
创建药物作业基本信息。 receptor 是 TargetOptReceptor object 受体文件。 ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。 表4 CreateDrugJobBasicInfo
传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时，您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook 在创建Notebook时，如果“存储配置”选择的是“OBS”。Notebook列表的所有文件读写操作
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