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镜像管理 镜像管理简介 导入或上传镜像 安装容器引擎 获取镜像 制作Docker镜像 上传镜像到SWR镜像仓库 发布镜像 父主题: 用户指南(基因平台)
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
图1 Docker安装成功 步骤2:制作镜像 方法1:直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。 docker pull biocontainers/fastqc:v0.11.5 方法2:通过Dockerfile制作FastQC镜像。 执行vi Dock
图1 Docker安装成功 步骤2:制作镜像 方法1:直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。 docker pull biocontainers/fastqc:v0.11.5 方法2:通过Dockerfile制作FastQC镜像。 执行vi Dock
取消或强制停止作业调度 功能介绍 取消或强制作业调度 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/terminate 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
支持系统镜像和自定义镜像。 工作环境 选择系统镜像时,工作环境选择“PY3”。 自定义镜像:当提供的镜像无法满足您的需求时,可以使用自己制作的Notebook镜像。镜像制作方法请参见镜像管理。制作Notebook自定义镜像时,需要依赖平台提供的基础镜像,获取地址请参见获取镜像。 CPU 设置CPU大小。 取值范围:1~128,默认为1。
最大长度:128 description 否 String 长描述 最小长度:0 最大长度:65535 picture 否 String 封面图片base64编码 最小长度:0 最大长度:50000 labels 否 Array of strings 标签列表 最小长度:1 最大长度:32
String 账号id 最小长度:1 最大长度:32 name String 名称 最小长度:1 最大长度:100 logo String logo图片base64编码 最小长度:0 最大长度:1500000 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 OK { "vendors" : [
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IHealth提供的基础镜像包制作自定义镜像,并上传至平台。您可以在EIHealth平台“开发环境”中使用此自定义镜像创建Notebook。 创建Notebook时,如果使用自定义镜像。该自定义镜像,需要基于EIHealth平台提供的基础镜像进行制作。 父主题: 镜像管理
最小长度:1 最大长度:64 title 否 String 展示名 最小长度:0 最大长度:128 picture 否 String 封面图片base64编码 最小长度:0 最大长度:50000 summary 否 String 短描述 最小长度:0 最大长度:128 description
基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装,应用既可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用,创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成,流程中的各个应
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter No
1021/acs.jcim.0c00821 查看“神农项目”药物筛选结果 登录EIHealth平台,可在“专题”页签中查看“神农项目”药物筛选结果。可参考视频介绍了解详细的使用指导。 在图2中,页面最右侧显示结合能的最大值和最小值,以及对应的列名称、行名称。 单击列名称或行名称,在弹窗中单击图标,可以对结合能数据进行排序。
命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业 1. 制作镜像 2. 创建应用 3. 搭建流程 4. 执行分析作业 常见问题 了解更多常见问题、案例和解决方案 热门案例 AK/SK是什么?如何获取AK/SK 如何搭建Docker环境? 如何制作镜像? 如何将生物信息学软件封装为镜像? 更多
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1:获取认证信息 步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:查看与执行操作命令
项目管理命令 获取项目 切换项目 创建项目 更新项目 删除项目 转移项目 添加项目成员角色 修改项目成员角色 移除项目成员的角色
应用管理命令 应用配置文件说明 创建应用 修改应用 查询应用 删除应用 导入应用